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- PDB-6qed: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qed
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX; WITH AN INHIBITOR (S)-3-Hydroxy-2-oxo-1-(2-oxo-1,2,3,4-tetrahydro-quinolin-6-yl)-pyrrolidine-3-carboxylic acid 3-chloro-5-fluoro-benzylamide
要素Methionine aminopeptidase 2メチオニルアミノペプチダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PEPTIDASE (プロテアーゼ) / METAL ION BINDING (金属) / PROTEOLYSIS (タンパク質分解) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HZK / : / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Musil, D. / Heinrich, T. / Lehmann, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Structure-Based Optimization of Next-Generation Reversible Methionine Aminopeptidase-2 (MetAP-2) Inhibitors.
著者: Heinrich, T. / Seenisamy, J. / Blume, B. / Bomke, J. / Calderini, M. / Eckert, U. / Friese-Hamim, M. / Kohl, R. / Lehmann, M. / Leuthner, B. / Musil, D. / Rohdich, F. / Zenke, F.T.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3689
ポリマ－42,4701
非ポリマー8988
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.300, 99.670, 101.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2 / メチオニルアミノペプチダーゼ / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M


分子量: 42470.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50579, メチオニルアミノペプチダーゼ

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非ポリマー , 6種, 232分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-HZK / (3~{S})-~{N}-[(3-chloranyl-5-fluoranyl-phenyl)methyl]-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-6-yl)pyrrolidine-3-carboxamide


分子量: 431.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19ClFN3O4
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.7 Å / Num. obs: 42072 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 6664 / Rrim(I) all: 0.608 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.097
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2104 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 42071 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6762 Å20 Å20 Å2
2--5.4637 Å20 Å2
3---2.2125 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2856 0 54 224 3134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013000HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.034062HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1045SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes510HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3000HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3650SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 -4.99 %
Rwork0.225 800 -
all0.2257 842 -
obs--94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.9998 Å / Origin y: 24.6048 Å / Origin z: 14.0862 Å
111213212223313233
T-0.1611 Å2-0.0123 Å20.0297 Å2--0.1687 Å20.007 Å2---0.0055 Å2
L0.4928 °2-0.4635 °2-0.0585 °2-3.5763 °20.9975 °2--1.0095 °2
S0.1313 Å °0.0208 Å °0.1055 Å °-0.1373 Å °0.0451 Å °-0.7848 Å °-0.1085 Å °0.0331 Å °-0.1764 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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