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Yorodumi- PDB-6qcl: Citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate l... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qcl | ||||||
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Title | Citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate lyase in complex with acetyl-CoA and L-malate | ||||||
Components | ATP-citrate lyase alpha-subunit | ||||||
Keywords | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / citrate synthase (unknown stereospecificity) / tricarboxylic acid cycle / lipid metabolic process / lyase activity / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chlorobium limicola (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2019 Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qcl.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qcl.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qcl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/6qcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/6qcl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6hxhC 6hxiC 6hxjSC 6hxkC 6hxlC 6hxmC 6hxnC 6hxoC 6hxpC 6hxqC 6qfbC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 28866.275 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Prior the crystallization, the N-terminal sequence MGSSHHHHHHSSGLVPR was removed by thrombin cleavage. Source: (gene. exp.) Chlorobium limicola (bacteria) / Gene: aclA / Plasmid: pET15b / Details (production host): N-terminal cleavable His-tag / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9AJC4 |
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-Non-polymers , 6 types, 1080 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-LMR / ( #4: Chemical | ChemComp-ACO / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.1 Details: 0.2 M Calcium chloride 20% PEG 3350 pH 5.1 Protein buffer: 20 mM HEPES, pH 7.4 150 mM NaCl 10 mM acetyl-CoA 50 mM L-Malate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→45.62 Å / Num. obs: 270869 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 11.86 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 43070 / CC1/2: 0.552 / Rrim(I) all: 0.1462 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6hxj Resolution: 1.6→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
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Displacement parameters | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.6→45.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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