+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q75 | ||||||
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Title | The structure of GH26A from Muricauda sp. MAR_2010_75 | ||||||
Components | GH26A | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GH26 / glycoside hydrolase | ||||||
Biological species | Muricauda sp. MAR_2010_75 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Robb, C.S. / Hehemann, J.H. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The structure of GH26A from Muricauda sp. MAR_2010_75 Authors: Robb, C.S. / Hehemann, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q75.cif.gz | 264 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q75.ent.gz | 214.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q75 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3wdqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38779.551 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Muricauda sp. MAR_2010_75 (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.15M Magnesium chloride 0.1M TRIS pH 8.5 21% PEG4000 20% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→45.12 Å / Num. obs: 58106 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8362 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 95.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3wdq Resolution: 1.75→44.428 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→44.428 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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