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万見
- PDB-6q1f: Atomic structure of the Human Herpesvirus 6B Capsid and Capsid-As... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1f
タイトルAtomic structure of the Human Herpesvirus 6B Capsid and Capsid-Associated Tegument Complexes
要素
  • Large structural phosphoprotein
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS (ウイルス) / beta-herpesvirus / HHV-6B / murine cytomegalovirus / human cytomegalovirus / pp150 / pU11 / pUL32 / pM32 / pU14
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / viral process / カプシド / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL11/UL32 / Small capsid protein, Herpesviridae / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Large structural phosphoprotein / Major capsid protein / Triplex capsid protein 2 / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 6B
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Zhang, Y.B. / Liu, W. / Li, Z.H. / Kumar, V. / Alvarez-Cabrera, A.L. / Leibovitch, E. / Cui, Y.X. / Mei, Y. / Bi, G.Q. / Jacobson, S. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583, DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10RR23057, 1S10OD018111, and 1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 and DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Atomic structure of the human herpesvirus 6B capsid and capsid-associated tegument complexes.
著者: Yibo Zhang / Wei Liu / Zihang Li / Vinay Kumar / Ana L Alvarez-Cabrera / Emily C Leibovitch / Yanxiang Cui / Ye Mei / Guo-Qiang Bi / Steve Jacobson / Z Hong Zhou /
要旨: Human herpesvirus 6B (HHV-6B) belongs to the β-herpesvirus subfamily of the Herpesviridae. To understand capsid assembly and capsid-tegument interactions, here we report atomic structures of HHV-6B ...Human herpesvirus 6B (HHV-6B) belongs to the β-herpesvirus subfamily of the Herpesviridae. To understand capsid assembly and capsid-tegument interactions, here we report atomic structures of HHV-6B capsid and capsid-associated tegument complex (CATC) obtained by cryoEM and sub-particle reconstruction. Compared to other β-herpesviruses, HHV-6B exhibits high similarity in capsid structure but organizational differences in its CATC (pU11 tetramer). 180 "VΛ"-shaped CATCs are observed in HHV-6B, distinguishing from the 255 "Λ"-shaped dimeric CATCs observed in murine cytomegalovirus and the 310 "Δ"-shaped CATCs in human cytomegalovirus. This trend in CATC quantity correlates with the increasing genomes sizes of these β-herpesviruses. Incompatible distances revealed by the atomic structures rationalize the lack of CATC's binding to triplexes Ta, Tc, and Tf in HHV-6B. Our results offer insights into HHV-6B capsid assembly and the roles of its tegument proteins, including not only the β-herpesvirus-specific pU11 and pU14, but also those conserved across all subfamilies of Herpesviridae.
履歴
登録2019年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20557
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  • マップデータ: EMDB-20557
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Major capsid protein
s: Major capsid protein
t: Major capsid protein
u: Major capsid protein
v: Major capsid protein
w: Major capsid protein
e: Large structural phosphoprotein
f: Large structural phosphoprotein
g: Large structural phosphoprotein
h: Large structural phosphoprotein
i: Large structural phosphoprotein
j: Large structural phosphoprotein
k: Large structural phosphoprotein
l: Large structural phosphoprotein
m: Large structural phosphoprotein
n: Large structural phosphoprotein
o: Large structural phosphoprotein
p: Large structural phosphoprotein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Small capsomere-interacting protein
z: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Small capsomere-interacting protein
5: Triplex capsid protein 1
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 1
U: Triplex capsid protein 1
V: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,248,21159
ポリマ－4,248,21159
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Major capsid protein
s: Major capsid protein
t: Major capsid protein
u: Major capsid protein
v: Major capsid protein
w: Major capsid protein
e: Large structural phosphoprotein
f: Large structural phosphoprotein
g: Large structural phosphoprotein
h: Large structural phosphoprotein
i: Large structural phosphoprotein
j: Large structural phosphoprotein
k: Large structural phosphoprotein
l: Large structural phosphoprotein
m: Large structural phosphoprotein
n: Large structural phosphoprotein
o: Large structural phosphoprotein
p: Large structural phosphoprotein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Small capsomere-interacting protein
z: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Small capsomere-interacting protein
5: Triplex capsid protein 1
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 1
U: Triplex capsid protein 1
V: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 255 MDa, 3540 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,892,6833540
ポリマ－254,892,6833540
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Major capsid protein
s: Major capsid protein
t: Major capsid protein
u: Major capsid protein
v: Major capsid protein
w: Major capsid protein
e: Large structural phosphoprotein
f: Large structural phosphoprotein
g: Large structural phosphoprotein
h: Large structural phosphoprotein
i: Large structural phosphoprotein
j: Large structural phosphoprotein
k: Large structural phosphoprotein
l: Large structural phosphoprotein
m: Large structural phosphoprotein
n: Large structural phosphoprotein
o: Large structural phosphoprotein
p: Large structural phosphoprotein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Small capsomere-interacting protein
z: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Small capsomere-interacting protein
5: Triplex capsid protein 1
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 1
U: Triplex capsid protein 1
V: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 21.2 MDa, 295 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,241,057295
ポリマ－21,241,057295
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
q: Major capsid protein
r: Major capsid protein
s: Major capsid protein
t: Major capsid protein
u: Major capsid protein
v: Major capsid protein
w: Major capsid protein
e: Large structural phosphoprotein
f: Large structural phosphoprotein
g: Large structural phosphoprotein
h: Large structural phosphoprotein
i: Large structural phosphoprotein
j: Large structural phosphoprotein
k: Large structural phosphoprotein
l: Large structural phosphoprotein
m: Large structural phosphoprotein
n: Large structural phosphoprotein
o: Large structural phosphoprotein
p: Large structural phosphoprotein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
x: Small capsomere-interacting protein
y: Small capsomere-interacting protein
z: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Small capsomere-interacting protein
5: Triplex capsid protein 1
S: Triplex capsid protein 1
T: Triplex capsid protein 1
U: Triplex capsid protein 1
V: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
W: Triplex capsid protein 2
X: Triplex capsid protein 2
Y: Triplex capsid protein 2
Z: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 2
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 25.5 MDa, 354 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,489,268354
ポリマ－25,489,268354
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 152260.047 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 6B (strain Z29) (ヘルペスウイルス)
株: Z29 / 参照: UniProt: Q9QJ26
#2: タンパク質
Large structural phosphoprotein / pp150 / 100 kDa phosphoprotein / pp100 / Major antigenic structural protein


分子量: 95738.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 6B (strain Z29) (ヘルペスウイルス)
株: Z29 / 参照: UniProt: Q69535
#3: タンパク質
Small capsomere-interacting protein / Small Capsid Protein


分子量: 9827.329 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 6B (strain Z29) (ヘルペスウイルス)
株: Z29 / 参照: UniProt: Q9WT32
#4: タンパク質
Triplex capsid protein 1 / Triplex Complex 1


分子量: 34162.508 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 6B (strain Z29) (ヘルペスウイルス)
株: Z29 / 参照: UniProt: Q9WT35
#5: タンパク質
Triplex capsid protein 2 / Triplex Complex 2


分子量: 33514.332 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 6B (strain Z29) (ヘルペスウイルス)
株: Z29 / 参照: UniProt: Q9QJ27

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human herpesvirus 6 strain Z29 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 6 strain Z29 (ヘルペスウイルス)
株: Z29
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer, pH 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: The grids were manually plunged into the ethane.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 64000 X / 倍率（補正後）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / Calibrated defocus min: 2200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 23 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 4828

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7430
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6443 / 詳細: bin4 reconstrction / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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