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- PDB-6q0s: Crystal Structure of RSV strain B18537 Prefusion-stabilized glyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q0s
タイトルCrystal Structure of RSV strain B18537 Prefusion-stabilized glycoprotein F Variant DS-Cav1
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Respiratory syncytial virus (RSウイルス) / structure-based vaccine design
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (RSウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Bao, A. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Pathog Immun / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure and Immunogenicity of the DS-Cav1-Stabilized Fusion Glycoprotein From Respiratory Syncytial Virus Subtype B.
著者: Joyce, M.G. / Bao, A. / Chen, M. / Georgiev, I.S. / Ou, L. / Bylund, T. / Druz, A. / Kong, W.P. / Peng, D. / Rundlet, E.J. / Van Galen, J.G. / Wang, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chuang, G.Y. / ...著者: Joyce, M.G. / Bao, A. / Chen, M. / Georgiev, I.S. / Ou, L. / Bylund, T. / Druz, A. / Kong, W.P. / Peng, D. / Rundlet, E.J. / Van Galen, J.G. / Wang, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chuang, G.Y. / McLellan, J.S. / Graham, B.S. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0386
ポリマ－61,3071
非ポリマー7315
水4,738263
1
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,11318
ポリマ－183,9213
非ポリマー2,19215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_645z+1,x-1,y1
crystal symmetry operation9_654y+1,z,x-11
Buried area15680 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area52960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.874, 167.874, 167.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-938-

HOH

21F-951-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 61307.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (subgroup B / strain 18537) (RSウイルス)
株: 18537 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13843
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 57616 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 3616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMU

4mmu


解像度: 1.94→34.27 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 2921 5.07 %
Rwork0.187 54651 -
obs0.189 57572 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.42 Å2 / Biso mean: 53.63 Å2 / Biso min: 0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→34.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 70 263 3863
Biso mean--142.47 44.51 -
残基数----454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.941-1.97260.3425990.30851888198770
1.9726-2.00660.33591480.28982312246088
2.0066-2.04310.26981420.26742512265495
2.0431-2.08240.25391400.25022585272597
2.0824-2.12490.25161420.22652611275397
2.1249-2.17110.23751370.21292584272197
2.1711-2.22160.22391440.19952600274498
2.2216-2.27710.20931330.1982628276198
2.2771-2.33870.20111490.1892637278699
2.3387-2.40750.20841240.18082643276798
2.4075-2.48510.21531550.18292637279299
2.4851-2.57390.21081360.1742681281799
2.5739-2.6770.22611320.18192657278999
2.677-2.79870.18761470.18612670281798
2.7987-2.94620.19511380.19552667280599
2.9462-3.13070.20281490.19092665281498
3.1307-3.37220.22911380.1812698283699
3.3722-3.71120.18011420.17212721286399
3.7112-4.24740.19691530.16472710286398
4.2474-5.3480.18781500.14972739288997
5.348-34.22670.23161230.21162806292993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6288-0.6502-0.44674.02762.06542.3028-0.0582-0.035-0.07510.24760.11940.19710.1995-0.02070.07810.20950.0098-0.01050.2170.02720.2482338.7315167.5507194.6862
22.591-0.33112.09131.47071.27044.06860.11691.3538-0.4579-0.76210.0620.12550.65980.6005-0.18070.8819-0.087-0.0620.797-0.15940.5337338.9843150.0629150.8645
31.66640.77550.78280.430.83913.7158-0.00820.4936-0.3698-1.00440.24280.0881-0.14290.4334-0.10240.42740.0583-0.05820.4037-0.08160.376352.3129155.1524176.6996
41.21930.4730.19720.31570.60342.23970.18330.4059-0.473-0.2929-0.10730.22090.9397-0.0762-0.16590.7124-0.0519-0.18720.4679-0.17880.5495335.0156144.2921161.684
52.66480.36950.87621.40990.27434.580.00980.1448-0.3195-0.0209-0.05210.16350.3017-0.26850.07860.3356-0.0216-0.06140.2498-0.0350.3293339.0172153.8064179.9119
61.1218-0.46390.16991.495-0.11210.5382-0.0166-0.15430.15070.1123-0.0015-0.1163-0.03460.0143-0.0080.26210.01230.01860.242-0.00910.2382342.466186.1384199.3889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'F' AND (RESID 26 THROUGH 60 )F0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'F' AND (RESID 61 THROUGH 98 )F0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'F' AND (RESID 99 THROUGH 170 )F0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'F' AND (RESID 171 THROUGH 238 )F0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'F' AND (RESID 239 THROUGH 309 )F0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'F' AND (RESID 310 THROUGH 509 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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