+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pvf | ||||||
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Title | Crystal structure of PhqK in complex with malbrancheamide B | ||||||
Components | FAD monooxygenase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / flavin | ||||||
Function / homology | FAD-binding domain / FAD binding domain / Oxidoreductases / FAD binding / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-MB5 / FAD-dependent monooxygenase phqK Function and homology information | ||||||
Biological species | Penicillium fellutanum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Fraley, A.E. / Smith, J.L. / Sherman, D.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Molecular Basis for Spirocycle Formation in the Paraherquamide Biosynthetic Pathway. Authors: Fraley, A.E. / Caddell Haatveit, K. / Ye, Y. / Kelly, S.P. / Newmister, S.A. / Yu, F. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pvf.cif.gz | 197.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pvf.ent.gz | 162 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pvf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51391.941 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Penicillium fellutanum (fungus) / Gene: phqK / Plasmid: pKLD116 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: L0E4H0 |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Chemical | ChemComp-MB5 / ( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2% 2,2,2-trifluoroethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→48.314 Å / Num. obs: 100693 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / CC1/2: 0.72 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 1.55 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Num. unique obs: 4655 / CC1/2: 0.72 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.69→48.31 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.03
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.78 Å2 / Biso mean: 30.6982 Å2 / Biso min: 12.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.69→48.31 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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