+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pmf | ||||||
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Title | Crystal Structure of EcDsbA in complex with aniline 15 | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Molecules / Year: 2019 Title: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors. Authors: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pmf.cif.gz | 199.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pmf.ent.gz | 131.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pmf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6pmlC 6pohC 6poiC 6poqC 6pvyC 6pvzC 1fvkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Plasmid: B0013 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AEG4 #2: Chemical | ChemComp-LD9 / [ | #3: Chemical | ChemComp-CU / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2014 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→57.05 Å / Num. obs: 33087 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 29.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.06 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Num. unique obs: 4802 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.329 / Rrim(I) all: 0.673 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FVK Resolution: 1.95→37.28 Å / SU ML: 0.2505 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.724
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→37.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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