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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pki | |||||||||
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タイトル | Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain (C56S C230S) in complex with N-acetyl-alpha-D-glucosamine (alpha-GlcNAc) and mannose 6-phosphate (M6P) | |||||||||
要素 | N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate (マンノース-6-リン酸) / glycosidase / n-acetylglucosamine (N-アセチルグルコサミン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme. 著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pki.cif.gz | 683.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pki.ent.gz | 579.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34048.809 Da / 分子数: 4 / 変異: C75S, C249S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: nagpa 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: F1QSF9 |
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-糖 , 3種, 17分子
#2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 糖 | ChemComp-NDG / #4: 糖 | ChemComp-M6P / |
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-非ポリマー , 3種, 630分子
#5: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50% PEG 200, 0.1M HEPES pH 6.5, soaked in 50mM N-acetylgucosamine and 50 mM mannose 6-phosphate without HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.293→50 Å / Num. obs: 97753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.5 % / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.293→2.38 Å / Num. unique obs: 9602 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PKG 解像度: 2.293→22.661 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.92
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.293→22.661 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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