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Yorodumi- PDB-6pki: Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylgluc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pki | |||||||||
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Title | Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain (C56S C230S) in complex with N-acetyl-alpha-D-glucosamine (alpha-GlcNAc) and mannose 6-phosphate (M6P) | |||||||||
Components | N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / n-acetylglucosamine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information secretion of lysosomal enzymes / anatomical structure development / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.293 Å | |||||||||
Authors | Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2020 Title: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme. Authors: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pki.cif.gz | 683.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pki.ent.gz | 579.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pki.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6pkgSC 6pkhC 6pkuC 6pkyC 6u11C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 34048.809 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C75S, C249S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: nagpa / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: F1QSF9 |
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-Sugars , 3 types, 17 molecules
#2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Sugar | ChemComp-NDG / #4: Sugar | ChemComp-M6P / |
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-Non-polymers , 3 types, 630 molecules
#5: Chemical | ChemComp-1PE / | ||
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#6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50% PEG 200, 0.1M HEPES pH 6.5, soaked in 50mM N-acetylgucosamine and 50 mM mannose 6-phosphate without HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.293→50 Å / Num. obs: 97753 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 28.5 % / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.293→2.38 Å / Num. unique obs: 9602 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6PKG Resolution: 2.293→22.661 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.293→22.661 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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