PDB-6pfs: rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the fluorescent on-stat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfs

タイトル

rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the fluorescent on-state in a contracted unit cell

要素

Green fluorescent protein

緑色蛍光タンパク質

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) /

Green Fluorescent Protein (緑色蛍光タンパク質)

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related /

緑色蛍光タンパク質 /

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy /

緑色蛍光タンパク質

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.759 Å

データ登録者

Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structural Evidence of Photoisomerization Pathways in Fluorescent Proteins.
著者: Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfs.cif.gz	113.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfs.ent.gz	83.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pfrC 6pftC 6pfuC 5dtxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bfp-d 1qyq-d 6og9-1 4lqu-2 3w1c-d 7a8i-3 6uhp-2 6og9-2 5dpi-1 3ako-4 4w77-2 7a8g-2 3cbe-d 2duh-d 3st4-3 4xow-d 2okw-3 3ug0-d 5yr3-d 5du0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.422, 59.246, 65.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 1.76 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES; Cryoprotectant 1.6 M sucrose, 2.72 M ammonium sulfate, 0.16 M HEPES. Temp details: Room temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.759→25.711 Å / Num. obs: 20330 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 21.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03846 / R_rim(I) all: 0.05439 / Net I/σ(I): 8.52
反射シェル	解像度: 1.759→1.822 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.4464 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1968 / CC_1/2: 0.703 / R_rim(I) all: 0.6313 / % possible all: 98.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DTX

5dtx

解像度: 1.759→25.711 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	3734	9.83 %
R_work	0.1778	-	-
obs	0.1809	37989	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.759→25.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1808	0	15	171	1994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.762	2569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.798	1531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7595-1.7817	0.3671	127	0.3371	1193	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7817-1.8052	0.3164	140	0.2971	1257	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8052-1.8299	0.3908	139	0.2762	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8299-1.856	0.3217	138	0.2749	1273	X-RAY DIFFRACTION	99
1.856-1.8837	0.3001	138	0.2524	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8837-1.9132	0.2929	146	0.2456	1298	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9132-1.9445	0.251	131	0.2409	1227	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9445-1.978	0.3235	141	0.2167	1301	X-RAY DIFFRACTION	99
1.978-2.014	0.253	138	0.2046	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.014-2.0527	0.2484	140	0.1897	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0527-2.0946	0.2244	132	0.1978	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0946-2.1401	0.2074	142	0.2017	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1401-2.1899	0.2613	136	0.1853	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1899-2.2446	0.1783	142	0.1711	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2446-2.3053	0.2437	131	0.176	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3053-2.373	0.2113	139	0.177	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.4496	0.2353	137	0.1754	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4496-2.5371	0.2179	140	0.1679	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5371-2.6385	0.194	140	0.1722	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6385-2.7585	0.1869	139	0.1739	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7585-2.9037	0.2708	137	0.1787	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9037-3.0854	0.213	142	0.162	1274	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0854-3.3232	0.1977	139	0.157	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3232-3.6567	0.1976	143	0.1531	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6567-4.1839	0.1329	141	0.1444	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1839-5.2638	0.1381	137	0.1371	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2638-25.7137	0.2032	139	0.1836	1276	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0032	-0.0108	-0.2157	1.8868	0.1482	1.0049	0.0104	0.0105	-0.1355	-0.098	0.0614	-0.3231	0.0529	-0.0389	0.0049	0.1279	0.0014	0.0123	0.1529	0.0025	0.1749	26.2444	-5.7719	-2.7581
2	0.2888	-0.0048	-0.0619	0.1008	0.2161	0.5363	-0.0799	-0.0596	-0.186	-0.0531	0.1916	-0.8635	-0.0151	0.1823	0.0247	0.179	-0.0102	0.0418	0.2227	-0.0144	0.3533	34.0529	-3.3872	-4.8525
3	0.4665	0.181	-0.1683	1.1036	0.1217	0.3692	-0.035	-0.0384	0.1216	-0.1791	0.0378	-0.0623	-0.2074	0.03	-0.014	0.2345	-0.0272	0.0236	0.218	0.0083	0.204	21.7761	6.5761	-3.2033
4	0.7928	0.3236	0.0904	0.7259	0.0807	0.2419	-0.0726	0.0235	0.0908	-0.2369	-0.1093	0.3458	-0.1463	-0.0329	-0.6424	0.2362	0.0079	0.0632	0.172	0.0076	0.2001	22.3647	7.7877	-4.8285
5	0.5702	0.2066	0.4062	1.2731	0.5776	0.7941	-0.0559	-0.0632	-0.0429	-0.0019	0.0343	0.0436	-0.0705	-0.1432	-0.0092	0.1725	-0.018	-0.0004	0.2149	-0.0021	0.1442	20.7989	-5.5392	-0.999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 189 through 231 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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