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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p7c | ||||||
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Title | D104A/S128A S. typhimurium siroheme synthase | ||||||
![]() | Siroheme synthase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pennington, J.M. / Stroupe, M.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site. Authors: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 435.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 297.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6p5xC ![]() 6p5zC ![]() 6p7dC ![]() 6pqzC ![]() 6pr0C ![]() 6pr1C ![]() 6pr2C ![]() 6pr3C ![]() 6pr4C ![]() 6uluC ![]() 6vebC ![]() 1pjsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 50146.488 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S128A, D104A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, ...Gene: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, DM376_19045, E2F01_22980, FCJ89_03505, FG594_22565, FG605_22440, FG608_22845, FG609_22120, FG610_23420, FG612_22925, FG614_17700, FG736_21980, FJV50_24115, FJV51_21965, FJV53_21305, FJV54_21440, FJV55_23340, FJV56_23845, FJV57_21575, FJV58_21460, FJV59_22630, FJV60_22895, FJV61_22810, FJV62_21845, FJV63_22695, FJV64_21465, FJV65_22650, FJV66_23645, FJV67_23240, FJV68_22685, FJV69_23140, FJV70_23085, FJV71_22715, FJV73_22540, FJV74_23150, FJV75_23690, FJV78_22515, FJV79_22055, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.25 % |
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Crystal grow![]() | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME), microseeded |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 23599 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 51.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.491 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.512 / Χ2: 3.326 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 294154 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1PJS Resolution: 2.76→42.17 Å / SU ML: 0.4382 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.4939
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.76→42.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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