[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6p3l: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Mycobacterium has... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p3l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Mycobacterium hassiacum (mhKSI) | ||||||
Components | SnoaL-like domain protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Thermophile | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium hassiacum | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.571 Å | ||||||
Authors | Yabukarski, F. / Doukov, T. / Pinney, M. / Herschlag, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2021 Title: Parallel molecular mechanisms for enzyme temperature adaptation. Authors: Pinney, M.M. / Mokhtari, D.A. / Akiva, E. / Yabukarski, F. / Sanchez, D.M. / Liang, R. / Doukov, T. / Martinez, T.J. / Babbitt, P.C. / Herschlag, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p3l.cif.gz | 164.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6p3l.ent.gz | 134.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p3l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3l | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13742.268 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: ksi, C731_3354, MHAS_03236 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: K5BJ73, steroid Delta-isomerase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.04 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 1.4 to 2 M ammonium sulfate, 10 mM potassium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.8856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→38.633 Å / Num. obs: 37638 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 154.658 % / Biso Wilson estimate: 24.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.262 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 29.89 / Num. measured all: 5821036 / Scaling rejects: 4140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.571→38.633 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.24
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.62 Å2 / Biso mean: 35.906 Å2 / Biso min: 8.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.571→38.633 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
|