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Yorodumi- PDB-6ozw: Crystal structure of the 65-kilodalton amino-terminal fragment of... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ozw | ||||||
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Title | Crystal structure of the 65-kilodalton amino-terminal fragment of DNA topoisomerase I from Streptococcus mutans | ||||||
Components | DNA topoisomerase 1Topoisomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / DNA BINDING PROTEIN / topoisomerase / supercoiled | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus mutans serotype c (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.063 Å | ||||||
Authors | Jones, J.A. / Hevener, K.E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2019 Title: Crystal structure of the 65-kilodalton amino-terminal fragment of DNA topoisomerase I from the gram-positive model organism Streptococcus mutans. Authors: Jones, J.A. / Hevener, K.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ozw.cif.gz | 133.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ozw.ent.gz | 99.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ozw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1eclS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67783.391 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 1-575 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (bacteria) Strain: ATCC 700610 / UA159 / Gene: topA, SMU_1002 / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8DUD3, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 4.6 mg mL-1 in a 3uL:3uL 1:1 ratio protein to condition, crystallization condition 0.2 M magnesium formate dihydrate, 25% w/v PEG 3350 at 277.15 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→50 Å / Num. obs: 39033 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 254919 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ECL Resolution: 2.063→49.183 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 30.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.86 Å2 / Biso mean: 33.1822 Å2 / Biso min: 9.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.063→49.183 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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