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Yorodumi- PDB-6onc: Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehyd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6onc | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase produced without CooC, as-isolated | ||||||||||||
Components | Carbon monoxide dehydrogenase | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Desulfovibrio vulgaris (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||||||||
Authors | Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019 Title: Structural insight into metallocofactor maturation in carbon monoxide dehydrogenase. Authors: Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Merrouch, M. / Leger, C. / Fourmond, V. / Dementin, S. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6onc.cif.gz | 1013.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6onc.ent.gz | 838.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6onc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ondC 6onsC 6b6vS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 67715.898 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfovibrio vulgaris (bacteria) / Gene: cooS, DVU_2098 / Production host: Desulfovibrio fructosivorans (bacteria) References: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-Non-polymers , 8 types, 2700 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | ChemComp-XCC / #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 200-275 mM magnesium chloride, 14-20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2017 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→100 Å / Num. obs: 338890 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 6.5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 24577 / Rsym value: 0.904 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6B6V Resolution: 1.5→93.272 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→93.272 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.3256 Å / Origin y: 20.0899 Å / Origin z: -16.3804 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |