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- PDB-6ohz: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpeter... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ohz | ||||||
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Title | Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / ![]() | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) Authors: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 75.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 26750.986 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: JB197 / Gene: LBJ_2820 / Plasmid: LpboA.19561.b.B1 Production host: ![]() ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q04PE5 |
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 60 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Optimization screen based on JCSG B12: 16.82% (w/V) PEG 3350, 200mM potassium citrate tribasic: LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 15mg/ml, grown at 4C: cryo: 20% EG in 2 steps, tray 307870 b3: ...Details: Optimization screen based on JCSG B12: 16.82% (w/V) PEG 3350, 200mM potassium citrate tribasic: LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 15mg/ml, grown at 4C: cryo: 20% EG in 2 steps, tray 307870 b3: puck rvo6-2. For experimental phasing, a crystal from the same optimization screen, well C10, with LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 22mg/ml, grown at 14C was incubated for 15 sec each in a solution of 90% reservoir and 10% 2.5M sodium ioidide in ethylene glycol, and a solution of 80% reservoir and 20% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, and vitrified in liquid nitrogen: tray 305816 C10: puck vvv2-11 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.05→39.85 Å / Num. obs: 21126 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.086 % / Biso Wilson estimate: 55.509 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 21.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.91 Å2 / Biso mean: 76.7427 Å2 / Biso min: 31.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→39.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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