PDB-6ohm: Structure of tungstate bound human Phospholipase D2 catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ohm

タイトル

Structure of tungstate bound human Phospholipase D2 catalytic domain

要素

Phospholipase D2

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / HKD motif

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane region / Synthesis of PG /

phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process /

シナプス小胞 / Synthesis of PA /

phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity.
著者: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V.

履歴

登録	2019年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ohm.cif.gz	495 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ohm.ent.gz	404.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ohm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ohoC 6ohpC 6ohqC 6ohrC 6ohsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cxp-2 6ohq-2 5fiw-2 1d7w-3 5fiw-1 5msp-d 6ohp-1 4dl1-8 7bjv-1 7lan-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase D2

B: Phospholipase D2

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholipase D2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholipase D2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.515, 132.242, 107.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.45, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1526- HOH

#1: タンパク質	Phospholipase D2 / hPLD2 / Choline phosphatase 2 / PLD1C / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D2 分子量: 72846.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14939, phospholipase D
#2: 化合物	ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION 分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 998 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月27日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.895→50 Å / Num. obs: 94443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.895→1.96 Å / Num. unique obs: 9136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.895→48.55 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	4712	4.99 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1835	94443	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→48.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9343	0	76	998	10417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.608	13098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.485	5666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8947-1.9163	0.3277	147	0.2995	2599	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9163-1.9388	0.2789	155	0.2706	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9388-1.9625	0.305	173	0.2635	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9625-1.9873	0.2687	151	0.2528	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9873-2.0135	0.2882	167	0.2474	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0135-2.041	0.2664	172	0.2245	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0702	0.272	180	0.2201	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0702-2.1011	0.2356	175	0.2108	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1011-2.1339	0.2127	182	0.2055	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1339-2.1689	0.2366	157	0.2046	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1689-2.2063	0.2101	154	0.2046	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2063-2.2464	0.2294	127	0.1925	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.2896	0.1976	158	0.1908	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3364	0.2273	145	0.1931	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.3872	0.2374	156	0.196	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3872-2.4427	0.2144	156	0.1949	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4427-2.5038	0.2343	193	0.1897	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5038-2.5715	0.2288	163	0.1862	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5715-2.6471	0.221	147	0.1848	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6471-2.7326	0.1896	149	0.1796	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7326-2.8302	0.202	138	0.1885	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8302-2.9435	0.2141	155	0.1794	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9435-3.0775	0.2297	171	0.1813	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0775-3.2397	0.2186	153	0.1783	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2397-3.4426	0.1722	189	0.1679	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4426-3.7084	0.1358	142	0.1534	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7084-4.0814	0.1518	140	0.1433	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0814-4.6715	0.1562	130	0.1366	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6715-5.884	0.1743	130	0.1588	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
5.884-48.5656	0.2094	157	0.1894	3080	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7644	0.0014	0.1726	0.6602	0.0448	1.2611	-0.0315	0.0745	-0.047	-0.0575	0.0005	0.0239	0.0691	-0.0814	0.0192	0.1272	-0.0203	0.0144	0.1304	-0.017	0.139	23.4875	93.1767	-4.8354
2	0.872	0.4075	-0.0718	1.5781	0.0127	1.1326	-0.0327	0.168	0.1299	-0.1655	0.0496	0.1224	-0.1316	-0.0962	-0.0084	0.1231	0.0051	0.0116	0.1562	-0.0119	0.1252	24.1158	105.1649	-7.787
3	0.3677	0.1718	0.1692	0.8636	0.4305	0.8502	-0.0169	-0.0332	0.0371	0.0726	-0.0357	0.0695	-0.003	-0.0304	0.0433	0.129	-0.0065	0.0171	0.165	-0.0115	0.172	22.0217	103.6628	14.538
4	0.3825	0.0223	-0.0934	0.8228	-0.0531	0.5816	0.0055	-0.0121	0.1134	0.0215	0.0032	-0.0287	-0.1282	0.005	0.0117	0.1499	-0.0134	0.0095	0.1577	-0.0197	0.1824	29.9473	117.3203	10.95
5	1.2362	0.455	0.8118	0.3397	0.2848	1.2744	0.2663	-0.257	-0.2759	0.2259	-0.1651	-0.1176	0.3888	-0.2646	-0.044	0.2573	-0.0774	-0.0253	0.2003	0.0403	0.1883	-3.4307	62.8983	50.9525
6	0.9817	0.2407	0.5397	1.6978	0.5554	2.1516	0.1882	-0.282	-0.0416	0.3892	-0.1129	-0.1681	0.1937	-0.095	-0.0413	0.2191	-0.0777	-0.0256	0.2293	0.0359	0.1356	3.0029	71.6733	59.3144
7	0.8691	0.1503	0.3904	1.1614	0.245	1.7582	0.0684	0.0159	-0.0271	0.0508	-0.0062	-0.1289	-0.0494	0.0839	-0.0352	0.1001	0.0143	0.0155	0.1233	-0.0026	0.1385	3.6709	74.208	36.3148
8	0.8611	0.5531	0.5771	1.8141	0.3892	2.0998	-0.1847	0.005	0.1945	-0.1786	0.0667	-0.074	-0.6935	-0.0995	0.0958	0.3459	0.0588	0.0102	0.1449	-0.0128	0.1884	-1.2993	91.3254	37.4286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 316 through 461 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 462 through 569 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 570 through 716 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 717 through 933 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 315 through 373 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 374 through 569 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 570 through 803 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 804 through 933 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)