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万見
- PDB-6o7e: Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o7e
タイトルCryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP in type III-A CRISPR-Cas system
要素
  • Csm1
  • Csm2
  • Csm3
  • Csm4
  • Csm5Saint-Michel-des-Saints Aerodrome
  • RNA (38-MER)
  • RNA (40-MER)
キーワードimmune system/rna (免疫系) / cryo-EM structure / Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP / Type III CRISPR-Cas systerm / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immune system-rna complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily ...CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jia, N. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Second Messenger cA Formation within the Composite Csm1 Palm Pocket of Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex and Its Release Path.
著者: Ning Jia / Roger Jones / George Sukenick / Dinshaw J Patel /
要旨: Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair ...Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair of Palm domain pockets of the Csm1 subunit. The generated cA second messenger in turn targets the CARF domain of trans-acting RNase Csm6, triggering its HEPN domain-based RNase activity. We have undertaken cryo-EM studies on multi-subunit Thermococcus onnurineus Csm effector ternary complexes, as well as X-ray studies on Csm1-Csm4 cassette, both bound to substrate (AMPPNP), intermediates (pppA), and products (cA), to decipher mechanistic aspects of cA formation and release. A network of intermolecular hydrogen bond alignments accounts for the observed adenosine specificity, with ligand positioning dictating formation of linear pppA intermediates and subsequent cA formation by cyclization. We combine our structural results with published functional studies to highlight mechanistic insights into the role of the Csm effector complex in mediating the cA signaling pathway.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0640
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csm1
B: Csm2
C: Csm3
D: Csm3
E: Csm4
G: RNA (38-MER)
H: RNA (40-MER)
Y: Csm5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,03216
ポリマ－274,6588
非ポリマー1,3738
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 6分子 ABCDEY

#1: タンパク質 Csm1 /


分子量: 89682.547 Da / 分子数: 1 / 変異: H14A, D15N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0893 / Variant: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B6YWB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 Csm2


分子量: 21210.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0894 / Variant: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWB9
#3: タンパク質 Csm3


分子量: 32809.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0895 / Variant: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWC0
#4: タンパク質 Csm4


分子量: 32345.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0896 / Variant: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWC1
#7: タンパク質 Csm5 / Saint-Michel-des-Saints Aerodrome


分子量: 40588.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0897 / Variant: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWC2*PLUS

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RNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#5: RNA鎖 RNA (38-MER)


分子量: 12463.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermococcus onnurineus (古細菌)
#6: RNA鎖 RNA (40-MER)


分子量: 12750.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermococcus onnurineus (古細菌)

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非ポリマー , 3種, 8分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#10: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Csm-crRNA-target RNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Thermococcus onnurineus (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.8, 250 mM NaCl, 2 mM DTT
緩衝液成分式: Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110194 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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