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万見
- PDB-6o64: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o64
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 2 (AtSPDS2)
要素Spermidine synthase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Polyamine metabolism / Putrescine Biosynthesis / dc-SAM / MTA
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process / spermidine biosynthetic process / ミトコンドリア / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Spermidine/spermine synthase, eukaryotes / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. ...Spermidine/spermine synthase, eukaryotes / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ギ酸 / マロン酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spermidine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sekula, B. / Dauter, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)The Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2019
タイトル: Spermidine Synthase (SPDS) Undergoes Concerted Structural Rearrangements Upon Ligand Binding - A Case Study of the Two SPDS Isoforms FromArabidopsis thaliana.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase 2
B: Spermidine synthase 2
C: Spermidine synthase 2
D: Spermidine synthase 2
E: Spermidine synthase 2
F: Spermidine synthase 2
G: Spermidine synthase 2
H: Spermidine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,61431
ポリマ－267,6498
非ポリマー1,96523
水16,862936
1
A: Spermidine synthase 2
B: Spermidine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2306
ポリマ－66,9122
非ポリマー3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
2
C: Spermidine synthase 2
D: Spermidine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4397
ポリマ－66,9122
非ポリマー5275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
3
E: Spermidine synthase 2
F: Spermidine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,64811
ポリマ－66,9122
非ポリマー7369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
4
G: Spermidine synthase 2
H: Spermidine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2987
ポリマ－66,9122
非ポリマー3855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.646, 162.699, 97.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Spermidine synthase 2 / / SPDSY 2 / Putrescine aminopropyltransferase 2


分子量: 33456.125 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 39-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: SPDSYN2, At1g70310, F17O7.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O48661, spermidine synthase

-
非ポリマー , 6種, 959分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus screen G4 (Carboxylic acids, buffer system 1, precipitant mix 4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 125268 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6263 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSVersion Jan 26, 2018データ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→42.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.944 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23052 1234 1 %RANDOM
Rwork0.17605 ---
obs0.17659 124006 80.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.41 Å2
2---0.36 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17482 0 131 936 18549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01318043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.6324452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3731.57139196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.39452257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45323.947798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.032152999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.391556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7982.1589054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7982.1589055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.953.21311281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.953.21411282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9952.3958989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9962.3948982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2443.47613166
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.59325.37920066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.55225.23519890
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 42 -
Rwork0.25 4786 -
obs--41.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6208-0.0531-0.15510.1269-0.21370.47970.07810.0339-0.0267-0.00630.0610.1011-0.0431-0.0636-0.13910.1048-0.04010.0020.04510.05680.3253.413625.917930.9589
20.2829-0.0530.21860.0572-0.10.3519-0.01750.1055-0.00240.007-0.02920.06170.04150.14310.04670.1476-0.00610.03440.07580.00850.247635.748124.382630.8454
31.1503-0.177-0.08520.0607-0.02190.0494-0.014-0.33840.2031-0.07280.0187-0.02180.09090.0394-0.00470.190.03360.03530.1546-0.11410.160854.195213.163572.1406
41.6905-0.22740.35530.0601-0.12490.29740.032-0.50920.2213-0.07170.0504-0.01110.165-0.0652-0.08240.1573-0.0340.01170.2107-0.17370.235321.494415.547872.7088
50.87650.1479-0.3490.0325-0.01140.5442-0.04580.06820.01550.0040.0089-0.0012-0.0194-0.08090.03690.1710.0265-0.03680.13250.00220.103733.021561.803154.9113
60.68090.2257-0.28640.1641-0.19490.2509-0.0309-0.0726-0.11730.0125-0.0749-0.0627-0.06050.08510.10580.1521-0.0023-0.04540.16640.05950.128165.326663.86155.66
70.346-0.0374-0.36710.0402-0.11391.3333-0.0179-0.1134-0.0674-0.01-0.03680.0322-0.02250.37410.05470.13250.0245-0.02490.30320.02090.059745.89356.216498.4278
80.50060.09880.26180.03660.03110.39120.0248-0.0963-0.13630.0019-0.0093-0.0513-0.1098-0.2773-0.01560.09940.0594-0.02080.3262-0.0090.075713.435856.208197.0063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B31 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C31 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D31 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5E31 - 501
6X-RAY DIFFRACTION6F31 - 501
7X-RAY DIFFRACTION7G31 - 501
8X-RAY DIFFRACTION8H31 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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