PDB-6o3v: Crystal structure for RVA-VP3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o3v

タイトル

Crystal structure for RVA-VP3

要素

Protein VP3

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

Rotavirus (ロタウイルス) / VP3 /

Capping enzyme / Guanylyl transferase /

Methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ) / RTPase / PDE

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 /

mRNA guanylyltransferase activity /

mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity /

hydrolase activity / GTP binding /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rotavirus A (ロタウイルス A)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Kumar, D. / Yu, X. / Wang, Z. / Hu, L. / Prasad, V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of rotavirus core protein VP3, a unique capping machine with a helicase activity.
著者: Dilip Kumar / Xinzhe Yu / Sue E Crawford / Rodolfo Moreno / Joanita Jakana / Banumathi Sankaran / Ramakrishnan Anish / Soni Kaundal / Liya Hu / Mary K Estes / Zhao Wang / B V Venkataram Prasad /

要旨: In many viruses, including rotavirus (RV), the major pathogen of infantile gastroenteritis, capping of viral messenger RNAs is a pivotal step for efficient translation of the viral genome. In RV, VP3 ...

履歴

登録	2019年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o3v.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o3v.ent.gz	870.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	20159C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o6b-d 7076 3r8b-d 4941 20159 3ja8-d 0632 4624 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (2) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (2)
#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein VP3

B: Protein VP3

C: Protein VP3

ヘテロ分子

295 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein VP3

C: Protein VP3

ヘテロ分子

A: Protein VP3

C: Protein VP3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration profile indicates a tetrameric assembly in solution, equilibrium centrifugation, Analytical Ultracentrifugation confirms tetrameric state is preferred ...根拠: gel filtration, Gel filtration profile indicates a tetrameric assembly in solution, equilibrium centrifugation, Analytical Ultracentrifugation confirms tetrameric state is preferred oligomeric assembly in solution
393 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein VP3

ヘテロ分子

B: Protein VP3

ヘテロ分子

B: Protein VP3

ヘテロ分子

B: Protein VP3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
393 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	236.706, 236.706, 349.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	Protein VP3 分子量: 97703.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 遺伝子: VP3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q1WK45
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein conc ~ 7 mg/ml 0.2 M Lithium Sulphate 0.1 M Sodium citrate pH 5.5 15% Ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→49.175 Å / Num. obs: 71574 / % possible obs: 97.67 % / 冗長度: 14.7 % / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.5→3.625 Å / Num. unique obs: 5807

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3235: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→49.175 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2644	3499	4.9 %
R_work	0.229	-	-
obs	0.2307	71431	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20604	0	99	27	20730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	21225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	28810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.069	12503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5479	0.3227	111	0.2934	1895	X-RAY DIFFRACTION	70
3.5479-3.5986	0.3196	108	0.2975	2342	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5986-3.6523	0.435	135	0.3933	2556	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6523-3.7094	0.4622	131	0.3823	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7094-3.7702	0.2789	156	0.2787	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7702-3.8351	0.2844	151	0.2663	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8351-3.9048	0.3319	127	0.3013	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9048-3.9799	0.3148	147	0.296	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9799-4.0611	0.273	149	0.2452	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0611-4.1494	0.2343	124	0.2348	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1494-4.2459	0.2622	126	0.2215	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2459-4.352	0.2528	157	0.215	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.352-4.4696	0.2387	154	0.2052	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4696-4.601	0.24	148	0.1988	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.601-4.7494	0.2421	133	0.1886	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7494-4.919	0.2311	157	0.1942	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.919-5.1157	0.2387	142	0.196	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1157-5.3483	0.2333	127	0.1986	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3483-5.6299	0.2486	159	0.2073	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6299-5.9821	0.2358	164	0.2166	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9821-6.443	0.24	128	0.2199	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
6.443-7.0897	0.2604	139	0.222	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0897-8.1116	0.2036	146	0.1996	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1116-10.2047	0.2065	126	0.1622	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
10.2047-49.1798	0.2533	154	0.2004	3056	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3166	-0.4456	0.0431	0.6623	-0.1911	0.4319	-0.0468	-0.0845	0.0987	0.2473	0.037	-0.1859	-0.0943	0.0093	0.0913	0.8154	0.2879	-0.4697	0.2884	-0.1578	0.4702	24.2893	-56.5781	33.2891
2	0.4586	0.0054	0.1159	0.9111	-0.1533	0.1447	-0.0164	0.18	-0.0022	-0.2255	0.097	-0.7014	0.2591	0.2119	-0.0534	0.8619	0.2503	-0.2325	0.3148	-0.3232	0.7769	35.5199	-65.7548	-3.8384
3	0.5611	-0.5569	0.1932	0.9181	-0.3713	0.3995	-0.0868	-0.1519	-0.0561	0.1822	0.2067	0.1306	0.1264	0.0101	-0.0183	0.7205	0.23	-0.3612	0.2046	-0.03	0.3624	5.5908	-62.8831	22.4132
4	0.3549	0.2677	-0.1047	0.4925	-0.7026	1.3845	0.0342	-0.4828	-0.2728	0.7254	0.0306	0.1618	0.0558	-0.1369	-0.2139	1.2227	0.132	-0.1623	0.4712	0.2546	0.4778	-14.6132	-72.909	38.4819
5	0.4048	-0.3189	0.375	0.7051	-0.6233	0.7091	0.0122	-0.0858	-0.0681	-0.0542	0.0934	0.1928	-0.0403	-0.1561	0.0266	0.7693	0.4325	-0.353	0.3149	-0.1031	0.2929	30.6576	-73.8921	48.7653
6	0.4549	-0.6639	-0.0456	1.0576	-0.0677	0.6483	0.1713	0.2739	-0.7736	-0.5797	-0.1396	1.0759	0.3444	-0.4301	0.0763	1.0829	0.2489	-0.6293	0.452	-0.2248	1.2301	24.247	-109.9625	37.8575
7	0.7519	-0.322	0.4404	0.572	0.0929	0.4277	0.065	0.0605	0.076	-0.201	-0.0405	-0.0851	-0.0532	0.0045	0.1629	0.9424	0.3835	-0.1926	0.2918	-0.0699	0.2593	51.5954	-80.5616	41.1637
8	0.4235	0.0184	0.2786	1.5832	-0.3139	0.3386	0.1675	0.3222	0.8611	-0.4636	-0.1244	-0.6181	-0.5519	0.1525	0.1812	1.3499	0.3619	0.3012	0.4167	0.2574	0.9597	68.8306	-63.8762	31.7231
9	0.4662	0.3374	0.096	1.6193	-0.144	0.4011	0.0425	-0.2538	0.0715	0.6701	0.1429	0.2864	0.258	-0.0265	-0.1187	0.8304	0.307	-0.1442	0.3742	-0.1263	0.5069	-5.2643	-35.6523	35.5688
10	1.0034	-0.3476	0.222	0.9708	-0.1756	0.658	-0.0982	-0.159	0.2394	0.4026	0.2444	0.4243	0.0522	-0.1673	-0.1072	0.4983	0.1356	-0.0301	0.2153	0.0155	0.7669	-22.524	-22.6941	21.0248
11	1.4389	-0.9432	-0.5211	1.8613	-0.0995	0.3459	0.0223	-0.3458	0.2913	0.3871	0.2115	-0.6227	-0.0561	0.229	-0.1963	0.4392	0.1199	-0.2924	0.3237	-0.2621	0.691	24.0946	-27.688	17.9456
12	0.2169	-0.0938	0.0955	0.2599	0.0376	0.2789	-0.0459	-0.0718	0.1688	0.2607	0.1082	-0.6878	0.0631	0.2997	-0.1569	0.4244	0.1466	-0.3982	0.3441	-0.2607	1.1521	40.6306	-19.3423	13.1381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 94 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 498 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 499 through 627 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 628 through 835 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 498 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 499 through 618 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 619 through 835 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 218 through 579 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 580 through 651 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 652 through 835 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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