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- PDB-6o3n: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3n
タイトルCross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
要素Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / alpha-amyloid / De Novo Design / coiled-coil (コイルドコイル) / fibril (フィブリル)
生物種synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang, S.-Q. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122603 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1413295 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures
著者: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
B: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
C: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
D: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
E: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
F: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
G: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
H: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
I: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
J: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
K: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
L: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
M: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
N: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
O: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
P: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,92116
ポリマ－46,92116
非ポリマー00
水0
1
A: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
B: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
C: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
D: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
E: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
F: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
G: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
H: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
I: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
J: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
K: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
L: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
M: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
N: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
O: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
P: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA

A: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
B: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
C: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
D: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
E: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
F: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
G: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
H: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
I: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
J: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
K: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
L: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
M: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
N: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
O: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA
P: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,84232
ポリマ－93,84232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area39420 Å2
ΔGint-588 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.816, 164.816, 164.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmA


分子量: 2932.569 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 45% MPD, 0.25M NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.335
11L, -K, H20.317
11-H, L, K30.348
反射解像度: 3.7→116.5 Å / Num. obs: 12514 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.6 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 18.48
反射 シェル解像度: 3.7→3.93 Å / 冗長度: 25.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 1946 / CC1/2: 0.465 / Rrim(I) all: 2.11 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180409データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C4Z

6c4z


解像度: 3.7→116.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 26.952 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31925 1189 9.6 %RANDOM
Rwork0.29697 ---
obs0.29888 11175 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.98 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.98 Å2-0 Å2
3---17.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→116.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 0 0 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.5883216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2611.5745344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9375368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.11215288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.688→3.783 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 79 -
Rwork0.321 718 -
obs--89.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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