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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o31 | ||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIN-BINDING DOMAIN OF HUMAN ALPHA-ACTININ-4 | ||||||||||||
要素 | Alpha-actinin-4 | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN / CH DOMAIN / ACTIN- BINDING PROTEIN / ACTIN-CROSSLINKING / GLOMERULOSCLEROS SPECTRIN FAMILY / DISEASE MUTATION / NUCLEUS (細胞核) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sodium:proton antiporter activity / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / nucleoside binding / muscle cell development / nuclear retinoic acid receptor binding / vesicle transport along actin filament / Nephrin family interactions / cortical actin cytoskeleton / 仮足 / retinoic acid receptor signaling pathway ...positive regulation of sodium:proton antiporter activity / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / nucleoside binding / muscle cell development / nuclear retinoic acid receptor binding / vesicle transport along actin filament / Nephrin family interactions / cortical actin cytoskeleton / 仮足 / retinoic acid receptor signaling pathway / stress fiber / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / nuclear receptor coactivator activity / platelet alpha granule lumen / cell projection / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / Z disc / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / actin filament binding / マイクロフィラメント / integrin binding / protein transport / Platelet degranulation / 細胞結合 / actin binding / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / transmembrane transporter binding / transcription coactivator activity / positive regulation of cell migration / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Birrane, G. / Feng, D. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Soc. Nephrol. / 年: 2020 タイトル: Phosphorylation of ACTN4 Leads to Podocyte Vulnerability and Proteinuric Glomerulosclerosis. 著者: Feng, D. / Kumar, M. / Muntel, J. / Gurley, S.B. / Birrane, G. / Stillman, I.E. / Ding, L. / Wang, M. / Ahmed, S. / Schlondorff, J. / Alper, S.L. / Ferrante, T. / Marquez, S.L. / Ng, C.F. / ...著者: Feng, D. / Kumar, M. / Muntel, J. / Gurley, S.B. / Birrane, G. / Stillman, I.E. / Ding, L. / Wang, M. / Ahmed, S. / Schlondorff, J. / Alper, S.L. / Ferrante, T. / Marquez, S.L. / Ng, C.F. / Novak, R. / Ingber, D.E. / Steen, H. / Pollak, M.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o31.cif.gz | 112.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o31.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o31 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26713.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTN4 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4E337, UniProt: O43707*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50mM Sodium Chloride, 5% Glycerol, 1mM EDTA, 15-18% PEG5000-MME PH範囲: 7.2 - 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→40 Å / Num. obs: 36924 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3555 / CC1/2: 0.779 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2R0O 解像度: 1.51→37.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.608 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.009 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→37.86 Å
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拘束条件 |
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