+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o1i | ||||||
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Title | Alpha-L-fucosidase AlfC fucosyltransferase mutant E274A | ||||||
Components | AlfC | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Fucosidase / fucosyltransferase / AlfC | ||||||
Function / homology | Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus casei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.55 Å | ||||||
Authors | Klontz, E.H. / Sundberg, E.J. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Structure and dynamics of an alpha-fucosidase reveal a mechanism for highly efficient IgG transfucosylation. Authors: Klontz, E.H. / Li, C. / Kihn, K. / Fields, J.K. / Beckett, D. / Snyder, G.A. / Wintrode, P.L. / Deredge, D. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6o1i.cif.gz | 525.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6o1i.ent.gz | 440.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6o1i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6o18SC 6o1aC 6o1cC 6o1jC 6oheC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 39311.715 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E274A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus casei (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: K0NB39, UniProt: A0A422MHI3*PLUS, alpha-L-fucosidase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 250 nL 20 mg/mL AlfC + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.920099 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920099 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.55→29.12 Å / Num. obs: 18262 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 4.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6O18 Resolution: 3.55→29.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 108.439 / SU ML: 0.662 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.747 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 1.2 Å / Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 243.13 Å2 / Biso mean: 94.67 Å2 / Biso min: 43.5 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.55→29.12 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.55→3.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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