PDB-6nw7: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nw7

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

TRNA (guanine9-N1)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification /

メチル化 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.481 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nw7.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nw7.ent.gz	147.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nw7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/6nw7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qox-d 6qou-d 6qog-d 6qok-d 6qo4-d 6qqx-d 6qot-d 6qow-d 6qr1-d 6qr4-d 6nw6-d 6nvr-d 6qqy-d 6qrc-d 6qr8-d 6qqu-d 6qor-d 6qqz-d 6qrb-d 6qr9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.334, 78.254, 88.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / TRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→88 Å / Num. obs: 87094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.68 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.032 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 28.6 / Num. measured all: 672548

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.48-1.56	7.7	0.72	12561	0.826	0.275	0.772	99.9
4.68-88	7	0.022	2974	0.999	0.008	0.023	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.481→58.479 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	4233	4.86 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1791	87010	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.86 Å² / B_iso mean: 31.5919 Å² / B_iso min: 15.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.481→58.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3252	0	57	314	3623
B_iso mean	-	-	32.97	41.78	-
残基数	-	-	-	-	429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	4718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.252	1261

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4809-1.4977	0.2563	138	0.2615	2724	2862	100
1.4977-1.5154	0.2666	137	0.2397	2734	2871	100
1.5154-1.5338	0.2465	137	0.2249	2749	2886	100
1.5338-1.5533	0.2322	153	0.2185	2683	2836	100
1.5533-1.5737	0.2323	144	0.2169	2747	2891	100
1.5737-1.5953	0.2404	128	0.2057	2746	2874	100
1.5953-1.618	0.2265	158	0.2008	2691	2849	100
1.618-1.6422	0.2132	131	0.1952	2738	2869	100
1.6422-1.6679	0.1979	134	0.1926	2752	2886	100
1.6679-1.6952	0.2042	144	0.1913	2724	2868	100
1.6952-1.7244	0.2008	137	0.1874	2745	2882	100
1.7244-1.7558	0.1873	134	0.1852	2754	2888	100
1.7558-1.7896	0.1838	140	0.1845	2729	2869	100
1.7896-1.8261	0.1964	140	0.1872	2718	2858	100
1.8261-1.8658	0.2005	130	0.1801	2778	2908	100
1.8658-1.9092	0.1996	145	0.1781	2737	2882	100
1.9092-1.957	0.1768	161	0.1728	2716	2877	100
1.957-2.0099	0.1765	145	0.1653	2746	2891	100
2.0099-2.069	0.191	148	0.1781	2741	2889	100
2.069-2.1358	0.2263	134	0.1787	2755	2889	100
2.1358-2.2121	0.2146	128	0.175	2779	2907	100
2.2121-2.3007	0.1814	158	0.1704	2744	2902	100
2.3007-2.4054	0.1837	128	0.1794	2784	2912	100
2.4054-2.5323	0.1919	128	0.1754	2791	2919	100
2.5323-2.6909	0.187	160	0.1834	2767	2927	100
2.6909-2.8987	0.212	107	0.1916	2823	2930	100
2.8987-3.1904	0.2213	157	0.1933	2767	2924	100
3.1904-3.6519	0.211	138	0.1743	2813	2951	100
3.6519-4.6008	0.1578	150	0.1546	2861	3011	100
4.6008-58.5244	0.1902	161	0.1742	2941	3102	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1362	-0.1303	0.1814	0.0833	-0.1764	0.2693	-0.0504	-0.2624	0.037	0.3414	0.0195	0.2136	-0.2069	-0.1986	-0.0002	0.298	0.0102	0.0161	0.2667	0.0107	0.2054	-32.9222	-12.9599	22.7336
2	0.6094	-0.2233	0.0847	0.2472	-0.2642	0.2499	0.0053	-0.1508	0.0344	0.1949	0.029	0.2134	-0.0077	-0.2704	0.0001	0.2656	0.0132	0.0465	0.2607	0.0122	0.2245	-38.9682	-14.3382	20.182
3	0.5087	0.138	0.35	0.0349	0.1904	1.0014	0.0322	0.0362	-0.1051	0.0856	0.0926	-0.0264	0.0904	-0.0216	0.0002	0.1725	-0.0051	-0.0034	0.2016	-0.0092	0.2231	-35.112	-17.316	6.4766
4	0.3149	0.035	0.0199	0.0036	-0.0559	0.2201	-0.0775	0.0741	0.0908	-0.1161	0.0014	0.0193	-0.2731	0.2209	-0	0.2294	-0.012	-0.0076	0.2092	-0.0265	0.2206	-20.2687	-4.2161	12.9326
5	0.9836	0.0684	0.1155	0.2388	0.1758	0.1822	0.0068	0.0123	-0.0399	0.0201	0.0353	-0.0184	-0.0246	0.0061	0	0.1942	0.0128	0	0.1845	-0.01	0.1921	-27.3202	-11.8745	11.7883
6	0.195	-0.1674	-0.0411	0.4288	-0.2479	0.902	0.1198	-0.2218	0.1796	0.2142	-0.3861	0.1874	-0.0604	0.1573	-0.4993	0.5123	0.0205	0.2162	0.2996	-0.3334	0.2201	-19.852	0.6689	27.1895
7	0.4047	0.3863	0.0658	0.3341	0.084	0.0405	0.0491	-0.0297	-0.1575	0.2445	0.0922	-0.1559	0.0629	0.1584	0.0001	0.2723	0.0437	-0.037	0.2361	-0.0169	0.2246	1.8182	-4.9148	40.0682
8	0.36	-0.2815	0.3681	0.1644	0.1232	0.1511	-0.05	0.1306	-0.0568	-0.0435	0.1834	-0.1775	-0.0609	0.3091	0.0001	0.2267	-0.0469	0.0381	0.3046	-0.0391	0.2112	2.8499	-2.233	24.5687
9	0.3304	-0.2209	-0.1616	0.367	-0.1737	0.248	0.1284	0.0798	-0.4006	-0.1186	-0.0892	0.505	0.3601	-0.3833	0.0011	0.3148	-0.0265	-0.0363	0.3167	-0.0041	0.3619	-20.7193	-24.0908	30.381
10	0.5444	-0.238	0.0135	0.1263	-0.0408	0.015	0.2712	-0.4031	-0.2303	0.4781	-0.2798	0.5096	0.1355	-0.4978	0.0327	0.4234	-0.0358	0.1199	0.3503	0.0317	0.2046	-16.191	-18.4961	43.318
11	0.6199	0.4934	0.395	0.6318	0.5604	0.838	0.0096	-0.0658	-0.092	0.1686	0.0279	-0.0411	0.1086	0.0664	0	0.2407	0.0407	-0.0166	0.1934	-0.0027	0.2078	-6.3943	-17.4197	32.2488
12	0.4104	0.1393	0.0865	0.1607	-0.2201	0.3404	0.0147	-0.0604	-0.1044	0.0884	-0.0323	-0.0313	-0.0032	-0.063	-0	0.1809	0.0034	0.0111	0.1861	-0.0089	0.2417	-16.3183	-19.6537	18.1376
13	0.5421	-0.0794	0.5508	0.7631	0.2767	0.3153	-0.0273	0.4246	-0.3288	-0.2658	0.144	-0.1017	-0.1045	0.224	0.0005	0.2284	-0.0312	0.0367	0.3744	-0.0952	0.2647	-26.2451	-21.3916	-6.258
14	0.1033	0.0298	0.0798	0.0286	-0.0091	0.0314	0.0813	-0.2826	0.5488	0.0538	0.1139	-0.3356	-0.2219	-0.2941	0	0.2376	0.0309	0.0596	0.2806	-0.0624	0.3585	-8.3713	-8.9514	1.8083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 48 )	A	19 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 155 )	A	101 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 178 )	A	156 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 203 )	A	179 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 29 )	B	0 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 131 )	B	49 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 222 )	B	183 - 222
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 223 through 233 )	B	223 - 233

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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