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Yorodumi- PDB-6nvy: Crystal structure of penicillin G acylase from Bacillus thermotolerans -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nvy | ||||||
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Title | Crystal structure of penicillin G acylase from Bacillus thermotolerans | ||||||
Components | (Penicillin G acylase) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / penicillin / acylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Quasibacillus thermotolerans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.27 Å | ||||||
Authors | Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Appl.Microbiol.Biotechnol. / Year: 2019 Title: Crystal structures and protein engineering of three different penicillin G acylases from Gram-positive bacteria with different thermostability. Authors: Mayer, J. / Pippel, J. / Gunther, G. / Muller, C. / Lauermann, A. / Knuuti, T. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Biedendieck, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nvy.cif.gz | 861.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nvy.ent.gz | 730.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nvy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/6nvy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6nvwC 6nvxSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24785.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Quasibacillus thermotolerans (bacteria) Gene: QY95_01219 / Production host: Bacillus megaterium (bacteria) / References: UniProt: A0A0F5I5V4 #2: Protein | Mass: 61664.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Quasibacillus thermotolerans (bacteria) Gene: QY95_01219 / Production host: Bacillus megaterium (bacteria) / References: UniProt: A0A0F5I5V4 #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 309 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 18 mM CaCl2, 90 mM sodium acetate, 27% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 10% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.27→49.45 Å / Num. obs: 108061 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6NVX Resolution: 2.27→43.249 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.33 Å2 / Biso mean: 60.8634 Å2 / Biso min: 23.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→43.249 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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