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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nry | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human caspase-4 | ||||||
要素 | Caspase-4カスパーゼ-4 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / inflammation (炎症) / caspase (カスパーゼ) / pyroptosis / enzyme (酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カスパーゼ-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / non-canonical inflammasome complex assembly / canonical inflammasome complex / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing ...カスパーゼ-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / non-canonical inflammasome complex assembly / canonical inflammasome complex / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / protein maturation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / lipopolysaccharide binding / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / cysteine-type endopeptidase activity / 自然免疫系 / lipid binding / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / タンパク質分解 / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.184 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, J. / Liu, Z. / Shi, W. / Xiao, T.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human caspase-4 著者: Yang, J. / Liu, Z. / Xiao, T.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nry.cif.gz | 118.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nry.ent.gz | 90.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3e4cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32826.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49662, カスパーゼ-4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25mM Bis-Tris, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→27.6 Å / Num. obs: 18369 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.876 / Rrim(I) all: 0.752 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3e4c 解像度: 2.184→27.592 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.184→27.592 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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