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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nru
タイトルCrystal Structure of the Alpha-ribazole Phosphatase from Shigella flexneri
要素CobC
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Histidine phosphatase domain / PhpB / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase / alpha-ribazole phosphatase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-ribazole phosphatase, CobC / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.505 Å
データ登録者Kim, Y. / Gu, M. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Alpha-ribazole Phosphatase from Shigella flexneri
著者: Kim, Y. / Gu, M. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CobC
B: CobC
C: CobC
D: CobC
E: CobC
F: CobC
G: CobC
H: CobC
I: CobC
J: CobC
K: CobC
L: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,19563
ポリマ－287,59312
非ポリマー4,60351
水12,611700
1
A: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5216
ポリマ－23,9661
非ポリマー5555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1583
ポリマ－23,9661
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5376
ポリマ－23,9661
非ポリマー5715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1944
ポリマ－23,9661
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2644
ポリマ－23,9661
非ポリマー2983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5308
ポリマ－23,9661
非ポリマー5647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3565
ポリマ－23,9661
非ポリマー3904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3265
ポリマ－23,9661
非ポリマー3604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3486
ポリマ－23,9661
非ポリマー3825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2565
ポリマ－23,9661
非ポリマー2904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1944
ポリマ－23,9661
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: CobC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5127
ポリマ－23,9661
非ポリマー5466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.518, 308.038, 97.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
CobC


分子量: 23966.070 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: cobC_1, SAMEA3891773_00492 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A2Y2SF70, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase

-
非ポリマー , 7種, 751分子

#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 1 M lithium sulfate, 2 %(w/v) PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 104835 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 5159 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.505→45.393 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.52 / 位相誤差: 23.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 5340 5.11 %
Rwork0.179 --
obs0.1825 104735 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.505→45.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19706 0 263 700 20669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55327708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6027403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5058-2.5490.29192610.25914587X-RAY DIFFRACTION89
2.549-2.59530.28152830.254945X-RAY DIFFRACTION94
2.5953-2.64520.27142560.26225054X-RAY DIFFRACTION95
2.6452-2.69920.2792950.25474950X-RAY DIFFRACTION94
2.6992-2.75790.3362630.23365036X-RAY DIFFRACTION95
2.7579-2.8220.29342480.23674907X-RAY DIFFRACTION95
2.822-2.89250.25872840.22715004X-RAY DIFFRACTION95
2.8925-2.97070.25772560.22314990X-RAY DIFFRACTION95
2.9707-3.05810.26252620.22275006X-RAY DIFFRACTION95
3.0581-3.15670.29172490.21724980X-RAY DIFFRACTION95
3.1567-3.26950.27752330.21255034X-RAY DIFFRACTION96
3.2695-3.40030.26582510.21174957X-RAY DIFFRACTION95
3.4003-3.55490.20952610.18565038X-RAY DIFFRACTION95
3.5549-3.74210.19772620.17675020X-RAY DIFFRACTION95
3.7421-3.97630.19522710.15594943X-RAY DIFFRACTION95
3.9763-4.28280.1932560.14334990X-RAY DIFFRACTION95
4.2828-4.7130.16862890.13094954X-RAY DIFFRACTION94
4.713-5.3930.16052580.13735013X-RAY DIFFRACTION95
5.393-6.7870.22092890.16424987X-RAY DIFFRACTION94
6.787-35.80020.18183130.15544984X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13893.0362-0.60534.8873-0.57137.8-0.0984-0.01260.07020.2734-0.1722-0.3850.2749-0.03480.16760.54970.1294-0.1130.2056-0.02130.555231.046517.963338.4209
21.49420.10571.07432.0732-0.59583.7137-0.13530.16680.02570.01610.01620.2288-0.188-0.04620.15580.3026-0.07130.02680.33990.02030.390825.637161.33453.3986
33.9796-1.895-0.6187.177-2.4951.3343-0.12020.3864-0.7758-0.52080.23510.79960.5261-0.407-0.07690.7425-0.15220.08350.3278-0.08150.49628.976553.8843-5.2919
43.04431.98862.66222.71951.33992.4640.7922-0.2689-0.33490.94630.4420.64410.2921-0.5246-1.26690.6544-0.03410.04410.43020.03650.586333.6556.545217.8831
51.72771.0795-0.80230.9953-1.20935.69780.1101-0.4241-0.32080.4383-0.0414-0.05290.03630.1454-0.06110.64960.12650.02850.45170.10310.38341.67759.54815.423
63.30961.6535-0.44092.86080.13411.7158-0.0019-0.2693-0.4489-0.227-0.0643-0.12920.29390.20220.06840.5037-0.0017-0.02340.21510.05870.32339.443764.8122-1.0649
74.5339-1.927-2.14913.1136-0.3872.064-0.12241.25810.2312-0.3475-0.12010.05960.8433-0.42120.17670.65270.00190.1610.3582-0.13550.378436.752569.3479-10.0647
82.25670.0825-0.18513.107-0.2470.4942-0.11640.2599-0.1396-0.37530.1486-0.0575-0.4068-0.1107-0.07070.65520.02890.02670.47260.08210.33516.907276.175426.61
92.4781.7845-1.55012.48610.62453.52350.18040.43830.5287-0.4181-0.12490.4569-0.4738-0.5071-0.06960.70630.1341-0.11230.36030.09630.50416.984679.882331.0026
105.2631-1.35-3.01741.41241.08284.13480.15160.31950.6557-0.6820.00120.0745-0.42830.0492-0.09710.9393-0.0818-0.05750.49090.09670.549234.677976.93322.8496
112.9119-0.5848-1.51041.6845-0.09411.9988-0.1607-0.06490.5723-0.0060.338-0.1545-0.37440.2643-0.18440.6382-0.10940.04320.3058-0.01660.506622.714980.459640.0271
123.13831.60981.01231.21720.61872.9977-0.08290.0110.41650.0526-0.12910.41090.21920.12580.18380.57730.04410.06610.1860.0440.620616.487368.968340.2991
132.4368-0.20370.48963.53320.65021.75980.07040.55220.2812-0.5704-0.20460.4935-0.45430.12790.16380.61080.0277-0.11190.2850.03280.425254.5851128.056842.4908
142.3115-0.84811.40792.6974-0.56353.96050.2391-0.14030.10440.2448-0.02520.88670.0394-0.235-0.20450.47670.03010.06930.22710.04910.661151.5456128.715854.1489
155.34112.79480.68966.9374-1.68694.60580.3473-0.17530.0370.37710.03220.5916-1.1574-0.5151-0.35230.60240.0962-0.02820.2356-0.03380.4654.1887135.985152.2235
165.02090.2764-1.01720.38850.30230.5408-0.72971.00890.58480.4366-0.172-0.0928-0.54570.08480.60280.9439-0.1476-0.18360.33960.13560.420359.8661131.905630.814
178.0493-0.47783.29727.3840.0122.9159-0.42830.69150.2119-0.61960.15370.5532-0.43180.49460.23560.4846-0.0696-0.1290.45630.02280.524565.3815126.284724.6367
181.37491.04171.71770.98360.85345.948-0.07530.33780.5922-0.2696-0.2348-0.1424-1.26030.32620.28380.5199-0.0445-0.08380.30340.12050.500671.8214132.895246.5362
195.03320.0643-2.10214.03210.00961.7122-0.1689-0.3668-0.29980.05470.0867-0.2702-0.52390.04420.09740.40830.0623-0.11160.25140.04380.339165.5579128.10552.2515
203.93420.0467-2.09721.46680.21883.2188-0.29460.1250.3659-0.81520.39760.31590.4230.1337-0.12160.6245-0.0033-0.17580.25340.00950.431165.1376119.071244.4468
213.8821-3.09693.96335.1562-0.10617.5937-0.5554-1.235-0.60991.0410.0082-0.3331-0.3492-0.16580.59060.48540.07180.02980.33020.18660.603669.4661120.514358.1694
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713.8642-0.4447-0.60825.52162.02923.55380.24390.33560.3853-1.41450.0564-0.4131-0.57620.3656-0.21630.7910.04530.28870.3204-0.05350.690433.846433.909328.1508
723.5181-1.5349-0.7142.0084-1.29382.0664-0.2759-0.2490.0568-1.00810.4842-1.09060.14150.5538-0.09940.9943-0.0766-0.12930.4925-0.20221.389454.072427.474847.299
735.43062.2727-3.3171.0956-0.64786.1599-1.5724-0.84410.5188-0.85520.1632-1.42450.8074-0.75151.01981.02560.018-0.12530.4326-0.00820.876546.229927.688853.1632
742.0106-0.14470.91083.0389-1.33392.65410.0506-0.30020.30730.0440.01130.3124-0.4055-0.1555-0.08650.64080.05720.14840.253-0.0130.655328.271829.758241.6367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 150 through 202 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 1 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'I' and (resid 42 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I' and (resid 80 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 92 through 138 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'I' and (resid 139 through 184 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'I' and (resid 185 through 203 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 1 through 28 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'J' and (resid 29 through 79 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 80 through 108 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'J' and (resid 109 through 149 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'J' and (resid 150 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'K' and (resid 1 through 28 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'K' and (resid 29 through 55 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'K' and (resid 56 through 79 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'K' and (resid 80 through 91 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'K' and (resid 92 through 120 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'K' and (resid 121 through 138 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'K' and (resid 139 through 160 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'K' and (resid 161 through 178 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'K' and (resid 179 through 192 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 193 through 203 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 1 through 41 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 42 through 69 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 70 through 138 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 139 through 201 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 1 through 55 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'A' and (resid 56 through 79 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'A' and (resid 80 through 120 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'A' and (resid 121 through 149 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'A' and (resid 150 through 178 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'A' and (resid 179 through 202 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 1 through 55 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 56 through 79 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'B' and (resid 80 through 108 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'B' and (resid 109 through 137 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'B' and (resid 138 through 202 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'C' and (resid 1 through 41 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'C' and (resid 42 through 69 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'C' and (resid 70 through 138 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'C' and (resid 139 through 178 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'C' and (resid 179 through 202 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'D' and (resid 1 through 15 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'D' and (resid 16 through 28 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'D' and (resid 29 through 55 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'D' and (resid 56 through 79 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'D' and (resid 80 through 91 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'D' and (resid 92 through 108 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'D' and (resid 109 through 138 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'D' and (resid 139 through 149 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'D' and (resid 150 through 170 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'D' and (resid 171 through 184 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'D' and (resid 185 through 202 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'E' and (resid 1 through 41 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'E' and (resid 42 through 69 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'E' and (resid 70 through 108 )
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'E' and (resid 109 through 138 )
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'E' and (resid 139 through 178 )
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'E' and (resid 179 through 202 )
60X-RAY DIFFRACTION60chain 'F' and (resid 1 through 28 )
61X-RAY DIFFRACTION61chain 'F' and (resid 29 through 55 )
62X-RAY DIFFRACTION62chain 'F' and (resid 56 through 79 )
63X-RAY DIFFRACTION63chain 'F' and (resid 80 through 138 )
64X-RAY DIFFRACTION64chain 'F' and (resid 139 through 184 )
65X-RAY DIFFRACTION65chain 'F' and (resid 185 through 202 )
66X-RAY DIFFRACTION66chain 'G' and (resid 1 through 28 )
67X-RAY DIFFRACTION67chain 'G' and (resid 29 through 79 )
68X-RAY DIFFRACTION68chain 'G' and (resid 80 through 138 )
69X-RAY DIFFRACTION69chain 'G' and (resid 139 through 202 )
70X-RAY DIFFRACTION70chain 'H' and (resid 1 through 55 )
71X-RAY DIFFRACTION71chain 'H' and (resid 56 through 79 )
72X-RAY DIFFRACTION72chain 'H' and (resid 80 through 108 )
73X-RAY DIFFRACTION73chain 'H' and (resid 109 through 120 )
74X-RAY DIFFRACTION74chain 'H' and (resid 121 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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