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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nro | |||||||||
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タイトル | Human parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad repeat domain+VIQKI | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein (融合タンパク質) / fusion inhibitor (侵入阻害剤) / six-helix bundle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human parainfluenza virus 3 (パラインフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Outlaw, V.K. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 タイトル: Dual Inhibition of Human Parainfluenza Type 3 and Respiratory Syncytial Virus Infectivity with a Single Agent. 著者: Outlaw, V.K. / Bottom-Tanzer, S. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H. / Porotto, M. / Moscona, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nro.cif.gz | 157.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nro.ent.gz | 127.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nro | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5656.473 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 139-189 / 由来タイプ: 合成 詳細: This compound is derived from residues 139-189 of the HPIV3 fusion glycoprotein. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus. 由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (パラインフルエンザウイルス) 参照: UniProt: A0A1V0E102, UniProt: P06828*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4194.895 Da / 分子数: 3 / 断片: 449-484 / Mutation: E459V, A463I, D466Q, Q479K, K480I / 由来タイプ: 合成 詳細: VIQKI is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions E459V, A463I, D466Q, Q479K and K480I. It is ...詳細: VIQKI is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions E459V, A463I, D466Q, Q479K and K480I. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus. 由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (パラインフルエンザウイルス) 参照: UniProt: A0A023PHT3, UniProt: P06828*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM ...詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→39.293 Å / Num. obs: 22158 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.01925 / Rrim(I) all: 0.04893 / Rsym value: 0.04488 / Net I/σ(I): 18.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2189 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.48 / Rrim(I) all: 1.238 / Rsym value: 1.139 / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZTM 解像度: 1.75→39.293 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 305.93 Å2 / Biso mean: 54.3386 Å2 / Biso min: 26.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→39.293 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.7167 Å / Origin y: -8.1854 Å / Origin z: -20.1981 Å
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精密化 TLSグループ |
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