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万見
- PDB-6ne8: Solution Structure of the Thioredoxin-like Domain of Arabidopsis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ne8
タイトルSolution Structure of the Thioredoxin-like Domain of Arabidopsis NCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY)
要素Thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7L, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / NCP / NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY / thioredoxin-like domain / chloroplast biogenesis / phytochrome signaling / plastid-encoded RNA polymerase
機能・相同性chloroplast organization / 葉緑体 / Thioredoxin-like superfamily / regulation of DNA-templated transcription / 細胞核 / Thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7L, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Liu, J. / Chen, M. / Zhou, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087388 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: NCP activates chloroplast transcription by controlling phytochrome-dependent dual nuclear and plastidial switches.
著者: Yang, E.J. / Yoo, C.Y. / Liu, J. / Wang, H. / Cao, J. / Li, F.W. / Pryer, K.M. / Sun, T.P. / Weigel, D. / Zhou, P. / Chen, M.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7L, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6051
ポリマ－16,6051
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8190 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-like fold domain-containing protein MRL7L, chloroplastic / Protein MESOPHYLL-CELL RNAI LIBRARY LINE 7-LIKE / AtMRL7-L / Protein SUPPRESSOR OF VARIEGATION 4-LIKE


分子量: 16605.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MRL7L, SVR4L, At2g31840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SKB6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic2Triple-resonance
121isotropic24D (H)CCH-TOCSY
131isotropic24D H(CCO)NH
143isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic14D 13C-HMQC-NOESY-15N-HSQC
162isotropic14D 13C-HMQC-NOESY-13C-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain, 25 mM HEPES, 50 mM KCl (pH 7.0), 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N/13C Sample H2O90% H2O/10% D2O
solution31.2 mM [U-99% 15N] NCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain, 25 mM HEPES, 50 mM KCl (pH 7.0), 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N Sample H2O90% H2O/10% D2O
solution21.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain, 25 mM HEPES, 50 mM KCl (pH 7.0), 10 mM DTT, 100% D2O15N/13C Sample D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMNCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.2 mMNCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain[U-99% 15N]3
1.2 mMNCP (NUCLEAR CONTROL OF PEP ACTIVITY) Thioredoxin-like Domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
25 mMHEPESnatural abundance1
25 mMHEPESnatural abundance2
25 mMHEPESnatural abundance3
50 mMKClnatural abundance1
50 mMKClnatural abundance2
50 mMKClnatural abundance3
10 mMDTTnatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance3
試料状態詳細: ~1.2 mM protein in a buffer containing 25 mM HEPES, 50 mM KCl (pH 7.0), and 10 mM DTT.
イオン強度: 50 mM / Label: NMR / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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