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- PDB-6nc1: FtsY-NG high-resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nc1
タイトルFtsY-NG high-resolution
要素Signal recognition particle receptor FtsY
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / FtsY / SRP / Signal recognition particle receptor / SR
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Ataide, S.F. / Faoro, C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the G-loop dynamics of E. coli FtsY NG domain.
著者: Faoro, C. / Ataide, S.F.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle receptor FtsY
B: Signal recognition particle receptor FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8268
ポリマ－66,2022
非ポリマー6246
水8,989499
1
A: Signal recognition particle receptor FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6084
ポリマ－33,1011
非ポリマー5073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Signal recognition particle receptor FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2184
ポリマ－33,1011
非ポリマー1173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.367, 75.980, 108.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor


分子量: 33101.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ftsY, b3464, JW3429
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P10121
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7, 30% PEG 2000 MME, 150 mM KBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→37.99 Å / Num. obs: 72072 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 18.33
反射 シェル解像度: 1.598→1.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQP

6cqp


解像度: 1.598→37.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 3531 4.9 %
Rwork0.1698 --
obs0.1714 72064 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4633 0 37 495 5165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8676472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3822914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.598-1.61990.25121670.23072480X-RAY DIFFRACTION89
1.6199-1.6430.25181630.20572696X-RAY DIFFRACTION97
1.643-1.66760.18531360.18922676X-RAY DIFFRACTION97
1.6676-1.69360.23591410.19422692X-RAY DIFFRACTION97
1.6936-1.72140.241400.1882739X-RAY DIFFRACTION97
1.7214-1.75110.24051160.18612690X-RAY DIFFRACTION97
1.7511-1.78290.23411330.18992719X-RAY DIFFRACTION97
1.7829-1.81720.25411310.18852774X-RAY DIFFRACTION98
1.8172-1.85430.2407990.18442754X-RAY DIFFRACTION98
1.8543-1.89460.23231450.18752761X-RAY DIFFRACTION98
1.8946-1.93870.21721270.18492713X-RAY DIFFRACTION98
1.9387-1.98720.21161350.18262729X-RAY DIFFRACTION98
1.9872-2.04090.23741400.18312791X-RAY DIFFRACTION98
2.0409-2.10090.20231480.17842701X-RAY DIFFRACTION98
2.1009-2.16870.21061310.1812774X-RAY DIFFRACTION98
2.1687-2.24620.19351640.17212717X-RAY DIFFRACTION98
2.2462-2.33620.24251330.17062767X-RAY DIFFRACTION98
2.3362-2.44250.21411300.17342822X-RAY DIFFRACTION99
2.4425-2.57120.18191390.16862735X-RAY DIFFRACTION99
2.5712-2.73230.19621710.17622734X-RAY DIFFRACTION99
2.7323-2.94320.19461440.17812785X-RAY DIFFRACTION99
2.9432-3.23920.20141590.17362789X-RAY DIFFRACTION99
3.2392-3.70760.19071640.15652788X-RAY DIFFRACTION99
3.7076-4.66980.17771440.13572827X-RAY DIFFRACTION99
4.6698-38.00070.18431310.17362880X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.1067 Å / Origin y: 12.3252 Å / Origin z: 27.0328 Å
111213212223313233
T0.1345 Å2-0.0115 Å20.0169 Å2-0.1576 Å2-0.0174 Å2--0.1322 Å2
L0.1852 °2-0.1209 °20.0602 °2-0.7995 °2-0.0475 °2--0.1317 °2
S0.0008 Å °-0.0102 Å °-0.0064 Å °-0.0016 Å °0.0007 Å °0.0073 Å °-0.0018 Å °-0.009 Å °-0.0028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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