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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nal | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Gram Negative Toxin | ||||||
要素 | Thiol-activated cytolysinコレステロール依存性細胞溶解素 | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / CYTOLYSIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Desulfobulbus propionicus | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Morton, C.J. / Lawrence, S.A. / Parker, M.W. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2019 タイトル: The Structural Basis for a Transition State That Regulates Pore Formation in a Bacterial Toxin. 著者: Wade, K.R. / Lawrence, S.L. / Farrand, A.J. / Hotze, E.M. / Kuiper, M.J. / Gorman, M.A. / Christie, M.P. / Panjikar, S. / Morton, C.J. / Parker, M.W. / Tweten, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nal.cif.gz | 353.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nal.ent.gz | 303.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nal.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6nal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6nal | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53010.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfobulbus propionicus (strain ATCC 33891 / DSM 2032 / 1pr3) (バクテリア) 株: ATCC 33891 / DSM 2032 / 1pr3 / 遺伝子: Despr_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8RGW2, UniProt: A0A7U3YL07*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 6000, 10% Tacsimate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372, 0.97902, 0.97957 | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→44.98 Å / Num. obs: 61001 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 2147128 / Scaling rejects: 2403 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→43.445 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.49 Å2 / Biso mean: 59.2977 Å2 / Biso min: 22.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→43.445 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %
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