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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n5d | ||||||
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タイトル | Broadly protective antibodies directed to a subdominant influenza hemagglutinin epitope | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / influenza (インフルエンザ) / antibody (抗体) / complex / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / immunogen design / glycan (糖鎖) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bajic, G. / Schmidt, A.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Influenza Antigen Engineering Focuses Immune Responses to a Subdominant but Broadly Protective Viral Epitope. 著者: Bajic, G. / Maron, M.J. / Adachi, Y. / Onodera, T. / McCarthy, K.R. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Takahashi, Y. / Kelsoe, G. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n5d.cif.gz | 404.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n5d.ent.gz | 329.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n5d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31150.033 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03437 #2: 抗体 | 分子量: 25338.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 22919.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→44.369 Å / Num. obs: 49440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.437 % / Biso Wilson estimate: 51.897 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 9.22 / Num. measured all: 318259 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1HA0, 6N5B, & 4HKX 解像度: 3→44.369 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.82
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.15 Å2 / Biso mean: 55.5971 Å2 / Biso min: 26.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→44.369 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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