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万見
- PDB-6n48: Structure of beta2 adrenergic receptor bound to BI167107, Nanobod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n48
タイトルStructure of beta2 adrenergic receptor bound to BI167107, Nanobody 6B9, and a positive allosteric modulator
要素
  • Camelid Antibody Fragment
  • Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity ...: / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / bone resorption / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / response to cold / receptor-mediated endocytosis / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / リソソーム / エンドソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / エンドソーム / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate / Chem-KBY / Chem-P0G / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Camelidae (ラクダ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, X. / Masoudi, A. / Kahsai, A.W. / Huang, L.Y. / Pani, B. / Hirata, K. / Ahn, S. / Lefkowitz, R.J. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mechanism of beta2AR regulation by an intracellular positive allosteric modulator.
著者: Liu, X. / Masoudi, A. / Kahsai, A.W. / Huang, L.Y. / Pani, B. / Staus, D.P. / Shim, P.J. / Hirata, K. / Simhal, R.K. / Schwalb, A.M. / Rambarat, P.K. / Ahn, S. / Lefkowitz, R.J. / Kobilka, B.
履歴
登録2018年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor chimera
B: Camelid Antibody Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7615
ポリマ－66,4202
非ポリマー1,3413
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.150, 66.060, 303.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor chimera / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 53471.039 Da / 分子数: 1
断片: chimera of lysozyme and B2AR (UNP residues 29-234,263-348)
変異: M1096T, M1098T, N1187E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, RB59_126, ADRB2, ADRB2R, B2AR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A097J809, UniProt: P07550, リゾチーム
#2: 抗体 Camelid Antibody Fragment / Nanobody 6B9


分子量: 12949.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (ラクダ科) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-P0G / 8-[(1R)-2-{[1,1-dimethyl-2-(2-methylphenyl)ethyl]amino}-1-hydroxyethyl]-5-hydroxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one


分子量: 370.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2O4
#4: 化合物 ChemComp-1WV / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate


分子量: 300.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#5: 化合物 ChemComp-KBY / N-[(3R)-4-(4-tert-butylphenyl)-3-({2-[(4-methoxyphenyl)sulfanyl]-5-[methyl(propan-2-yl)sulfamoyl]benzene-1-carbonyl}amino)butanoyl]glycine


分子量: 669.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H43N3O7S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150-200 mM lithium acetate, 43-45% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48 Å / Num. obs: 16912 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 31.35 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 1380 / CC1/2: 0.584 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LDE

4lde


解像度: 3.2→19.921 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 1645 9.79 %
Rwork0.2506 --
obs0.2529 16810 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4497 0 88 0 4585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6196379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7272704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.29380.39651350.37721180X-RAY DIFFRACTION91
3.2938-3.39970.34331160.34431117X-RAY DIFFRACTION93
3.3997-3.52050.36941400.32021249X-RAY DIFFRACTION97
3.5205-3.66060.3121350.30631230X-RAY DIFFRACTION99
3.6606-3.82610.30061360.27591269X-RAY DIFFRACTION100
3.8261-4.02630.25811370.25471257X-RAY DIFFRACTION100
4.0263-4.27620.23781340.23781265X-RAY DIFFRACTION100
4.2762-4.60260.26591400.22061288X-RAY DIFFRACTION100
4.6026-5.05890.27431390.22841295X-RAY DIFFRACTION100
5.0589-5.77530.28331380.2441285X-RAY DIFFRACTION100
5.7753-7.21830.23581430.24521333X-RAY DIFFRACTION100
7.2183-19.92190.21971520.19491397X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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