+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n1s | ||||||
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Title | Toxoplasma gondii TS-DHFR in complex with selective inhibitor 29 | ||||||
Components | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | ||||||
Keywords | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TOXOPLASMA GONDII / DHFR / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Hopper, A.T. / Brockman, A. / Wise, A. / Gould, J. / Barks, J. / Radke, J.B. / Sibley, L.D. / Zou, Y. / Thomas, S.B. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2019 Title: Discovery of Selective Toxoplasma gondii Dihydrofolate Reductase Inhibitors for the Treatment of Toxoplasmosis. Authors: Hopper, A.T. / Brockman, A. / Wise, A. / Gould, J. / Barks, J. / Radke, J.B. / Sibley, L.D. / Zou, Y. / Thomas, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6n1s.cif.gz | 426.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6n1s.ent.gz | 347.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6n1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n1s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6n1tC 4eilS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 4 - 610 / Label seq-ID: 4 - 566
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 64214.312 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: DHFR-TS / Mutation: delta 49-73, delta 201-219 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q07422, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 9 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.3 Details: Compound 29, NADPH, PDDF, and dUMP were combined with protein and then mixed with 0.1 M potassium formate buffer with 16% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 4, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 25031 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.205 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EIL Resolution: 3→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 38.629 / SU ML: 0.325 / SU R Cruickshank DPI: 0.4016 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.459 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.54 Å2 / Biso mean: 44.024 Å2 / Biso min: 15.08 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→39.6 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 16365 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.999→3.076 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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