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Yorodumi- PDB-6mqf: Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Acetylsalicylic acid -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mqf | ||||||
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Title | Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Acetylsalicylic acid | ||||||
Components | Basic phospholipase A2 homolog 2 | ||||||
Keywords | TOXIN / Aspirin / Acetylsalicylic acid | ||||||
Function / homology | Function and homology information phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.693 Å | ||||||
Authors | Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Search for efficient inhibitors of myotoxic activity induced by ophidian phospholipase A2-like proteins using functional, structural and bioinformatics approaches. Authors: Salvador, G.H.M. / Cardoso, F.F. / Gomes, A.A. / Cavalcante, W.L.G. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mqf.cif.gz | 118.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mqf.ent.gz | 91.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mqf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6mqdC 6b80S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13912.211 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) / Tissue: Venom gland / References: UniProt: Q9I834 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 / Details: PEG4000, Isopropanol, Sodium Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→55.06 Å / Num. obs: 29583 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.47 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6B80 Resolution: 1.693→18.884 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.18 Å2 / Biso mean: 25.2438 Å2 / Biso min: 9.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.693→18.884 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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