PDB-6mlk: Structure of Thioesterase from DEBS with a thioesterase-specific ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mlk

タイトル

Structure of Thioesterase from DEBS with a thioesterase-specific antibody

要素

6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6
Heavy chain of Fab 3A6
Light chain of Fab 3A6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / 6-Deoxyerythronolide B synthase /

Thioesterase (チオエステル加水分解酵素) /

monoclonal antibody (モノクローナル抗体)

機能・相同性

機能・相同性情報

6-deoxyerythronolide-B synthase /

erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process /

phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

Polyketide synthase, docking domain superfmaily /

Polyketide synthase, thioesterase domain /

チオエステル加水分解酵素 /

Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch /

チオエステル加水分解酵素 /

Thioesterase domain /

Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Li, X. / Khosla, C.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM087934	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	P41CA196276	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM104659	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
Department of Energy (DOE, United States)	P41GM103393	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Discovery and Characterization of a Thioesterase-Specific Monoclonal Antibody That Recognizes the 6-Deoxyerythronolide B Synthase.
著者: Li, X. / Sevillano, N. / La Greca, F. / Hsu, J. / Mathews, I.I. / Matsui, T. / Craik, C.S. / Khosla, C.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mlk.cif.gz	282.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mlk.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mn6S 4lriS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d9q-1 4pp1-1 4d9r-1 5ush-2 4d9q-2 6vmk-3 4d9r-2 2zch-d 4pu0-d 4pp1-2 6whk-d 4zfg-d 6a67-2 6bkb-d 5ush-1 5vcn-1 7kqh-1 7kqh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6

L: Light chain of Fab 3A6

H: Heavy chain of Fab 3A6

ヘテロ分子

84.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.580, 172.580, 159.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-419- HOH

#1: タンパク質	6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 / DEBS 3 / 6-deoxyerythronolide B synthase III / Erythronolide synthase / ORF C 分子量: 32112.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) 遺伝子: eryA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 抗体	Light chain of Fab 3A6 分子量: 25772.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 抗体	Heavy chain of Fab 3A6 分子量: 26519.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 15% Ethylene glycol, 0.2M Na2HPO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→38.426 Å / Num. obs: 33435 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.519 % / B_iso Wilson estimate: 63.61 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.112 / Net I/σ(I): 14.23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.51	6.334	0.858	2	2459	0.738	0.934	100
2.51-2.58	10.337	0.863	2.71	2386	0.857	0.907	100
2.58-2.66	10.223	0.632	3.61	2318	0.915	0.665	100
2.66-2.74	9.968	0.498	4.55	2261	0.939	0.525	100
2.74-2.83	9.149	0.384	5.53	2215	0.947	0.408	99.8
2.83-2.93	10.527	0.294	7.61	2110	0.978	0.309	100
2.93-3.04	10.556	0.225	9.88	2063	0.985	0.236	100
3.04-3.16	10.392	0.171	12.7	1977	0.989	0.179	99.9
3.16-3.3	10.258	0.145	15.63	1888	0.991	0.152	100
3.3-3.46	9.883	0.118	18.24	1816	0.993	0.125	100
3.46-3.65	8.977	0.099	20.02	1717	0.994	0.105	99.5
3.65-3.87	9.414	0.091	23.26	1629	0.994	0.096	99.8
3.87-4.14	9.644	0.081	25.16	1543	0.997	0.086	99.9
4.14-4.47	9.267	0.075	26.85	1441	0.996	0.08	99.9
4.47-4.9	9.033	0.069	27.63	1346	0.997	0.073	99.9
4.9-5.48	8.286	0.067	26.64	1171	0.997	0.071	98.6
5.48-6.33	9.627	0.063	28.52	1080	0.998	0.066	99.9
6.33-7.75	9.422	0.059	29.62	901	0.998	0.062	99.9
7.75-10.96	8.629	0.048	29.52	708	0.998	0.051	97.7
10.96-38.426	9.48	0.045	31.67	406	0.999	0.047	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB codes: 1MN6 and 4LRI

1mn6

4lri

解像度: 2.45→38.426 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	1671	5 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1779	33432	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.57 Å² / B_iso mean: 70.5827 Å² / B_iso min: 33.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→38.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5225	0	1	65	5291
B_iso mean	-	-	85.56	64	-
残基数	-	-	-	-	687

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.5221	0.3855	138	0.3142	2615	2753	100
2.5221-2.6035	0.3456	138	0.2593	2641	2779	100
2.6035-2.6965	0.3062	139	0.2394	2628	2767	100
2.6965-2.8044	0.3148	137	0.2352	2609	2746	100
2.8044-2.932	0.2787	139	0.2343	2628	2767	100
2.932-3.0865	0.3138	139	0.2128	2641	2780	100
3.0865-3.2798	0.2653	138	0.2045	2632	2770	100
3.2798-3.5329	0.2734	140	0.1928	2662	2802	100
3.5329-3.8881	0.2336	139	0.1698	2648	2787	100
3.8881-4.45	0.2238	140	0.1441	2642	2782	100
4.45-5.6038	0.1614	140	0.135	2676	2816	99
5.6038-38.4306	0.2121	144	0.1583	2739	2883	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7135	-0.2864	0.1541	0.1186	-0.1122	0.3632	-0.0198	-0.056	-0.0019	0.0162	0.0118	0.1269	0.4343	-0.429	-0.1134	0.9327	-0.2323	0.0247	0.4862	0.0099	0.5291	15.0748	17.7999	-68.0278
2	0.1754	0.0581	0.1348	0.0296	0.076	0.159	-0.2616	-0.3149	-0.2376	-0.0416	0.2349	0.3498	0.4195	-0.6617	-0.0127	1.02	-0.1938	0.1208	0.6024	0.0905	0.5103	14.4088	13.2386	-54.1232
3	0.1359	-0.0841	-0.1024	0.0397	-0.1662	0.4532	-0.3213	-0.1422	-0.039	0.0366	0.153	-0.0991	0.2762	0.0406	-0.0005	0.9326	-0.0572	0.0158	0.4339	-0.0151	0.5089	23.5766	18.6275	-59.0574
4	0.0236	0.0672	-0.0271	0.0651	-0.0486	0.0513	0.0312	-0.3171	0.0321	0.2791	-0.1444	0.0106	0.2711	0.4953	-0.0003	0.8349	0.0741	0.0337	0.5277	0.0347	0.4903	38.1841	17.9498	-59.5802
5	0.0749	0.0265	-0.031	0.0178	-0.0369	0.0275	0.3105	-0.1457	-0.3104	-0.1723	-0.0444	0.0932	0.1798	0.1679	0	1.4157	0.0912	0.0288	0.5892	0.0582	0.7126	31.354	6.606	-52.5894
6	0.8938	-0.2938	-0.302	0.3749	0.1979	0.4825	-0.9498	0.206	-0.2984	-0.0915	0.2853	-0.165	1.0024	-0.2772	-0.08	1.3236	-0.1628	0.2693	0.047	0.0849	0.6143	45.3899	11.0863	-88.8997
7	0.8381	-0.0869	-0.0696	0.2575	0.0966	0.0104	-0.9896	0.1911	-0.3684	0.2797	0.128	0.0166	1.0115	-0.2568	-0.5948	1.4953	-0.3041	0.3551	-0.011	-0.0371	0.5725	44.8087	9.624	-93.5555
8	1.5912	-0.1833	-0.6667	0.5195	-0.2689	0.5798	-0.2851	0.491	0.0295	0.2689	0.3165	0.0071	0.3116	-0.1876	0.0729	0.6762	-0.0447	0.0183	0.1936	-0.0209	0.4183	56.7369	24.559	-104.1165
9	0.0285	0.0344	-0.0226	0.0417	0.0646	0.1061	-0.0006	0.4037	0.2064	-0.2208	-0.0092	0.0666	0.5406	0.0478	0.0007	0.5407	-0.0332	-0.0251	0.4468	0.0074	0.5418	64.0693	25.0915	-115.8441
10	0.0724	-0.1164	0.0111	0.2417	0.0631	0.1055	0.4551	0.5339	-0.0882	0.2065	-0.3232	-0.2644	0.6161	0.0231	0.0008	0.6529	-0.0027	-0.0402	0.5638	0.0221	0.6739	62.0166	24.6001	-112.1746
11	0.0517	-0.0025	-0.0477	0.0026	-0.0138	0.1579	0.0489	0.2057	0.0982	-0.2285	0.0593	-0.1923	0.0805	0.2028	0	0.551	-0.0452	0.1487	0.6338	0.0435	0.6916	69.5697	30.5911	-121.1316
12	0.7753	0.1999	-0.1517	0.0457	0.1095	0.3226	0.1984	-0.4805	0.3402	0.408	0.2105	0.1713	-0.2224	0.3167	0.0032	0.626	0.0452	-0.0966	0.4287	0.0942	0.6898	51.8323	38.4752	-85.2919
13	0.0184	-0.0468	-0.0107	0.0816	0.0517	0.1017	-0.1164	0.1097	0.4698	-0.0423	0.1456	0.2952	0.219	-0.1053	-0.0001	0.6481	-0.0091	-0.0765	0.4797	0.0623	0.6899	39.8801	32.6993	-80.0384
14	0.0348	0.0473	0.0251	0.0053	0.0461	0.0767	-0.1614	-0.1384	-0.1832	-0.3868	-0.0265	0.053	0.2126	0.0286	0.0002	0.7294	0.0036	0.1248	0.3799	0.0139	0.5281	52.5325	26.0936	-85.3452
15	0.0285	0.0214	0.0147	0.0459	-0.0368	0.0452	0.0846	-0.568	-0.0445	0.2705	-0.2489	0.1823	0.2175	-0.1025	0.0002	0.6573	0.0819	0.0314	0.425	-0.0092	0.4581	46.4561	27.2477	-73.3593
16	0.0282	0.0369	-0.056	0.0381	0.0043	0.1701	0.2018	-0.3343	0.3244	0.2021	-0.148	0.4249	-0.0368	0.2002	0	0.5984	0.0628	-0.0866	0.4387	-0.0229	0.6465	50.0589	32.4659	-73.5847
17	0.0059	0.0129	-0.003	0.0237	-0.0354	0.0669	-0.0724	-0.106	0.1144	-0.161	-0.0266	0.2453	0.1947	0.3473	-0.0061	0.5461	0.075	0.0194	0.5631	-0.1041	0.6012	54.4045	34.7792	-79.6314
18	0.0456	0.0475	0.0079	-0.0357	0.0014	0.0714	-0.1412	0.1233	-0.2978	0.2903	0.0674	-0.0258	0.3848	0.1039	-0.0001	0.7502	-0.0069	0.1231	0.3102	0.0575	0.5096	41.6146	23.5282	-83.9525
19	0.1258	-0.0933	-0.0681	0.0322	0.0439	0.1738	0.0636	0.1359	0.1641	-0.0521	0.0622	0.0155	0.384	-0.0663	0.0003	0.536	-0.0322	-0.0906	0.4581	0.0323	0.5832	55.1223	36.3673	-91.5022
20	0.0826	-0.1078	-0.0334	0.0747	0.0397	0.0147	0.1603	0.5111	0.092	-0.0498	-0.2094	-0.0813	-0.0114	0.1072	-0.0002	0.3745	0.0178	-0.0434	0.4559	0.0735	0.515	58.4757	39.4523	-114.6218
21	0.1409	-0.0994	-0.1985	0.4042	0.1857	0.2045	0.0742	0.162	0.0587	0.0248	-0.2676	0.092	0.0678	-0.2474	-0.0002	0.4072	-0.0509	-0.0448	0.5158	0.0907	0.5736	53.4676	36.4563	-110.4464
22	-0.0017	0.0148	-0.0091	0.0372	-0.0025	0.0045	-0.1112	0.0948	0.0534	0.1886	0.1031	0.167	-0.128	-0.1204	-0.0004	0.3798	-0.0491	-0.0038	0.4136	0.092	0.4947	52.5923	45.3176	-107.0642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 68 )	A	16 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 135 )	A	69 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 230 )	A	136 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 250 )	A	231 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 251 through 279 )	A	251 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 16 through 82 )	L	16 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 83 through 111 )	L	83 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 112 through 149 )	L	112 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 150 through 171 )	L	150 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 172 through 195 )	L	172 - 195
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 196 through 232 )	L	196 - 232
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 4 through 19 )	H	4 - 19
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 20 through 35 )	H	20 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 36 through 47 )	H	36 - 47
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 48 through 61 )	H	48 - 61
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 62 through 77 )	H	62 - 77
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 78 through 92 )	H	78 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 93 through 109 )	H	93 - 109
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 110 through 128 )	H	110 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 129 through 154 )	H	129 - 154
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 155 through 203 )	H	155 - 203
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 204 through 222 )	H	204 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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