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- PDB-6mlj: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mlj
タイトルCrystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) S70A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine
要素Lysine/arginine/ornithine transport protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics (熱力学) / Protein Ligand Complex (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / アルギニン / Lysine/arginine/ornithine transport protein / Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.
資金援助 メキシコ, 4件
組織認可番号国
Other governmentIN208418 メキシコ
Other government221169 メキシコ
Other government254514 メキシコ
Other governmentIN220516 メキシコ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine/arginine/ornithine transport protein
B: Lysine/arginine/ornithine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3525
ポリマ－51,9422
非ポリマー4093
水6,233346
1
A: Lysine/arginine/ornithine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2053
ポリマ－25,9711
非ポリマー2342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine/arginine/ornithine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1462
ポリマ－25,9711
非ポリマー1751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.087, 37.241, 102.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysine/arginine/ornithine transport protein


分子量: 25971.234 Da / 分子数: 2 / 変異: S70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain 14028s / SGSC 2262) (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 遺伝子: argT, STM14_2901 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A0F6B499, UniProt: P02911*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月2日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.545
11-h,-k,l20.455
反射解像度: 1.6→38.34 Å / Num. obs: 58580 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 5747 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000Rデータ削減
HKL-3000Rデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf


解像度: 1.6→38.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.095 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 1002 1.7 %RANDOM
Rwork0.19174 ---
obs0.1923 57275 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5 Å20 Å25.79 Å2
2---6.58 Å2-0 Å2
3---2.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→38.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 0 28 346 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.6495124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4171.5948193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2855498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83323.155187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18215658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7171520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7341.6681927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7331.6691926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5462.4992407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5462.4992408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0121.8411855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0121.8421855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0072.6932704
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.61119.9394323
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.53119.7334259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.595→1.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 66 -
Rwork0.246 3920 -
obs--92.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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