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- PDB-6ma4: Crystal structure of human O-GlcNAc transferase bound to a peptid... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ma4 | ||||||
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Title | Crystal structure of human O-GlcNAc transferase bound to a peptide from HCF-1 pro-repeat 2 (11-26) and inhibitor 3a | ||||||
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![]() | transferase/transferase inhibitor / OGT / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, S.E.S. / Lazarus, M.B. / Walker, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-Based Evolution of Low Nanomolar O-GlcNAc Transferase Inhibitors. Authors: Martin, S.E.S. / Tan, Z.W. / Itkonen, H.M. / Duveau, D.Y. / Paulo, J.A. / Janetzko, J. / Boutz, P.L. / Tork, L. / Moss, F.A. / Thomas, C.J. / Gygi, S.P. / Lazarus, M.B. / Walker, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 306.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 243.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ma1C ![]() 6ma2C ![]() 6ma3C ![]() 6ma5C ![]() 4n3aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 80974.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1608.597 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-JA7 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.38 % / Mosaicity: 0.55 ° |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 1.05 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→77.37 Å / Num. obs: 70941 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 4.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 4.9 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4N3A Resolution: 2→77.37 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.43 Å2 / Biso mean: 34.6358 Å2 / Biso min: 15.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→77.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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