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Yorodumi- PDB-6m8v: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m8v | ||||||
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Title | Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from Methanocaldococcus jannaschii, FMN complex | ||||||
Components | Flavin prenyltransferase UbiX | ||||||
Keywords | LYASE / FMN BINDING / UBIX / PRENYL TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.221 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Wawrzak, Z. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from Methanocaldococcus jannaschii, FMN complex Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6m8v.cif.gz | 91.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6m8v.ent.gz | 69.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6m8v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2ejbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 12|||||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20669.422 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (archaea) Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: ubiX, MJ0102 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Gold / References: UniProt: Q57566, flavin prenyltransferase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / | ||
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 28% (w/v) PEG400 Cryoprotectant 5% glycerol, paratone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. obs: 11575 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 41.48 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 22.7 % / Rmerge(I) obs: 1.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1130 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.296 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2EJB Resolution: 2.221→27.238 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.221→27.238 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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