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Yorodumi- PDB-6m1w: Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m1w | ||||||
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Title | Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase | ||||||
Components | (Amidohydrolase) x 2 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / Hydroxylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information organic substance metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus wratislaviensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Hibi, M. / Mikami, B. / Ogawa, J. | ||||||
Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2021 Title: A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes. Authors: Hibi, M. / Fukuda, D. / Kenchu, C. / Nojiri, M. / Hara, R. / Takeuchi, M. / Aburaya, S. / Aoki, W. / Mizutani, K. / Yasohara, Y. / Ueda, M. / Mikami, B. / Takahashi, S. / Ogawa, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6m1w.cif.gz | 353.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6m1w.ent.gz | 249.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6m1w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/6m1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/6m1w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 40127.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus wratislaviensis (bacteria) / Gene: Rhow_000804 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A402C2V4 |
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#2: Protein | Mass: 42600.473 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus wratislaviensis (bacteria) / Gene: Rhow_000803 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A402C2Q3 |
-Non-polymers , 6 types, 87 molecules
#3: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5), 1 M ammonium sulfate and 12% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→45.12 Å / Num. obs: 59603 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.79 % / Biso Wilson estimate: 45.58 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 12.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.91 Å / Redundancy: 5.93 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 9588 / CC1/2: 0.901 / Rrim(I) all: 0.551 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.75→45.12 Å / SU ML: 0.3392 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.9078 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→45.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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