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- PDB-6m07: Crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel covalent inh... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m07 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel covalent inhibitor | |||||||||
![]() | Platelet-activating factor acetylhydrolase![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hu, H.C. / Xu, Y.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Identification of Highly Selective Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Inhibitors by a Covalent Fragment-Based Approach. Authors: Huang, F. / Hu, H. / Wang, K. / Peng, C. / Xu, W. / Zhang, Y. / Gao, J. / Liu, Y. / Zhou, H. / Huang, R. / Li, M. / Shen, J. / Xu, Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6m06C ![]() 6m08C ![]() 5i9iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 42051.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q13093, ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.9 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M MOPS pH 6.6, 0.4 M Li2SO4, 22.5-27% (w/v) (NH4)2SO4, 1 M Na-Ac, 1.4 % 1,4-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.64→50 Å / Num. obs: 21641 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5I9I Resolution: 2.64→44.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 14.103 / SU ML: 0.294 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.55 Å2 / Biso mean: 38.382 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.64→44.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.645→2.713 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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