+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lyf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the mouse endonuclease EndoG(H138A/Se-Met) | ||||||
要素 | Endonuclease G, mitochondrialENDOG | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / EndoG / DNase (デオキシリボヌクレアーゼ) / mitochondria (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / DNA nuclease activity / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling ...mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / DNA nuclease activity / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / positive regulation of autophagy / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / perikaryon / in utero embryonic development / ミトコンドリア内膜 / nucleic acid binding / positive regulation of apoptotic process / response to antibiotic / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Park, K.H. / Woo, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of the mouse endonuclease G. 著者: Park, K.H. / Yoon, S.M. / Song, H.N. / Yang, J.H. / Ryu, S.E. / Woo, E.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lyf.cif.gz | 436 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6lyf.ent.gz | 310.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lyf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyf | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27598.734 Da / 分子数: 4 / 変異: H138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endog / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08600, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200mM NaCl, 1mM CdCl2, 100mM CHES, 10mM CTAB, 5% glycerol, 5% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.12 Å / Num. obs: 56219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 39.44 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 28825 / Rsym value: 0.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.12 Å / SU ML: 0.3627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2075
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.3241861153 Å / Origin y: 27.5101005381 Å / Origin z: 67.3070337233 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |