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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lqk | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of honeybee RyR NTD | |||||||||
要素 | ryanodine receptorリアノジン受容体 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / honey bee (ミツバチ) / ryanodine receptor (リアノジン受容体) / n-terminal domain (N末端) / crystal structure. (結晶構造) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / membrane => GO:0016020 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Apis mellifera (セイヨウミツバチ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / Lin, L. / Yuchi, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of ryanodine receptor from the honeybee, Apis mellifera. 著者: Zhou, Y. / Wang, W. / Salauddin, N.M. / Lin, L. / You, M. / You, S. / Yuchi, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lqk.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lqk.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5y9vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22185.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A088AV96, UniProt: A0A7M7R4R0*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 34%-40% PEG 4000, 0.1 M Tris, pH 8.5-9.4 PH範囲: 8.5-9.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 14282 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.762 / Net I/σ(I): 4.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5Y9V 解像度: 2.499→37.682 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.64
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.45 Å2 / Biso mean: 56.1681 Å2 / Biso min: 29.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.499→37.682 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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