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- PDB-6lqk: Crystal structure of honeybee RyR NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lqk
タイトルCrystal structure of honeybee RyR NTD
要素ryanodine receptorリアノジン受容体
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / honey bee (ミツバチ) / ryanodine receptor (リアノジン受容体) / n-terminal domain (N末端) / crystal structure. (結晶構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor ...Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Zhou, Y. / Lin, L. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972287 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972271 中国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of ryanodine receptor from the honeybee, Apis mellifera.
著者: Zhou, Y. / Wang, W. / Salauddin, N.M. / Lin, L. / You, M. / You, S. / Yuchi, Z.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ryanodine receptor
B: ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3963
ポリマ－44,3712
非ポリマー241
水36020
1
A: ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2102
ポリマ－22,1861
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
2
B: ryanodine receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1861
ポリマ－22,1861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.054, 75.363, 143.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ryanodine receptor / リアノジン受容体


分子量: 22185.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A088AV96, UniProt: A0A7M7R4R0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 34%-40% PEG 4000, 0.1 M Tris, pH 8.5-9.4
PH範囲: 8.5-9.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 14282 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.762 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.545.40.6997100.8410.3220.7730.44698.7
2.54-2.595.50.6336820.9460.2870.6970.49999.4
2.59-2.645.80.6636770.8920.2990.7290.50998.8
2.64-2.695.80.6727050.870.3020.7390.79299.3
2.69-2.755.70.4957010.9340.2260.5460.48999.9
2.75-2.825.70.4377000.960.1970.4810.521100
2.82-2.8960.3956820.9690.1760.4340.511100
2.89-2.966.50.3167090.9710.1340.3440.543100
2.96-3.056.60.2837060.960.1190.3080.583100
3.05-3.156.50.2527010.9760.1070.2740.642100
3.15-3.266.50.2087240.9880.0880.2260.638100
3.26-3.396.50.1796840.9870.0760.1950.721100
3.39-3.556.10.1877150.9750.0830.2051.008100
3.55-3.735.90.137100.9870.0590.1430.894100
3.73-3.976.40.1167330.9880.0490.1261.061100
3.97-4.276.50.0847080.9940.0360.0911.041100
4.27-4.76.40.0777310.9940.0330.0841.085100
4.7-5.385.90.0757350.9960.0330.0821.083100
5.38-6.786.10.0767500.9960.0340.0840.946100
6.78-505.50.0778190.9970.0350.0851.02899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y9V

5y9v


解像度: 2.499→37.682 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 1360 10.04 %
Rwork0.2227 --
obs0.229 13540 94.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.45 Å2 / Biso mean: 56.1681 Å2 / Biso min: 29.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.499→37.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 1 20 2421
Biso mean--59.57 51.56 -
残基数----338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4991-2.58840.39791160.2759104682
2.5884-2.6920.3331260.2746108487
2.692-2.81450.36651290.2557113890
2.8145-2.96280.29981300.2287118695
2.9628-3.14830.31141340.2398122797
3.1483-3.39130.31891370.2343124298
3.3913-3.73230.33651410.2218126499
3.7323-4.27170.2681420.2044128699
4.2717-5.37940.23781480.1841315100
5.3794-37.6820.25911570.24181392100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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