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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lpg | ||||||
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Title | human VASH1-SVBP complex | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ikeda, A. / Nishino, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The crystal structure of the tetrameric human vasohibin-1-SVBP complex reveals a variable arm region within the structural core. Authors: Ikeda, A. / Urata, S. / Ando, T. / Suzuki, Y. / Sato, Y. / Nishino, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 159 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6nvqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 29336.973 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 7804.847 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.19 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M Sodium acetate pH4.6, 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.3→47.06 Å / Num. obs: 15488 / % possible obs: 99.89 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01637 / Rpim(I) all: 0.01637 / Rrim(I) all: 0.02315 / Net I/σ(I): 24.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 0.2435 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique obs: 1492 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.2435 / Rrim(I) all: 0.3443 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6NVQ Resolution: 2.3→47.06 Å / SU ML: 0.2662 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.284 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→47.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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