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- PDB-6lpd: Phascolosoma esculenta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lpd
タイトルPhascolosoma esculenta
要素Ferritinフェリチン
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Phascolosoma esculenta (Fer147) / ferritin (フェリチン) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Phascolosoma esculenta (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Su, X.R. / Ming, T.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41676159 中国
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Structural comparison of two ferritins from the marine invertebrate Phascolosoma esculenta.
著者: Ming, T. / Huan, H. / Su, C. / Huo, C. / Wu, Y. / Jiang, Q. / Qiu, X. / Lu, C. / Zhou, J. / Li, Y. / Su, X.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,34320
ポリマ－122,5616
非ポリマー78214
水26,2841459
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)493,37080
ポリマ－490,24324
非ポリマー3,12756
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_558-x,y,-z+31
crystal symmetry operation4_558x,-y,-z+31
Buried area98150 Å2
ΔGint-950 kcal/mol
Surface area143050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.005, 153.491, 153.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Ferritin / フェリチン


分子量: 20426.783 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phascolosoma esculenta (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% v/v Jeffamine M-600

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
21001Y
11001Y
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U120.96
シンクロトロンSSRF BL17U110.96
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r2CCD2017年7月11日
ADSC QUANTUM 3151CCD2017年7月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
21
反射解像度: 1.65→108.65 Å / Num. obs: 215690 / % possible obs: 96.383 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.88 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.66 Å / Num. unique obs: 10411 / CC1/2: 0.88
Serial crystallography sample delivery
ID手法
2injection
1fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AJO

3ajo


解像度: 1.65→108.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.913 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1533 10411 5 %RANDOM
Rwork0.1084 ---
obs0.1106 197507 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.46 Å2 / Biso mean: 17.279 Å2 / Biso min: 5.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→108.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8355 0 14 1459 9828
Biso mean--44.39 30.08 -
残基数----1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0199636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.531.94413133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.302320346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59551270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.25725.364563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.644151822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0241562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.694318392
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.2055218
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.229519441
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 766 -
Rwork0.121 14060 -
all-14826 -
obs--93.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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