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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lis | ||||||
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タイトル | ASFV dUTPase in complex with dUMP | ||||||
要素 | E165R | ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / ASFV (アフリカ豚熱ウイルス) / aDUT / dUTPase / dUMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, R. / Peng, G.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural comparisons of host and African swine fever virus dUTPases reveal new clues for inhibitor development. 著者: Liang, R. / Wang, G. / Zhang, D. / Ye, G. / Li, M. / Shi, Y. / Shi, J. / Chen, H. / Peng, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lis.cif.gz | 190.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lis.ent.gz | 150.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lis | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18285.447 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: E165R CDS, E165R, ASFV-Georgia_4-154, ASFV_Kyiv_2016_131_00207 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0SE53, UniProt: Q65199*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-UMP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 m, 24% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→30.61 Å / Num. obs: 69859 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 2.68 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.24 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 6889 / CC1/2: 0.883 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.709 / Χ2: 0.948 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HQU 解像度: 1.998→30.608 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.19 Å2 / Biso mean: 26.8441 Å2 / Biso min: 10.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.998→30.608 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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