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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lgq | ||||||
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タイトル | The crystal complex structure of histidine kinase and response regulator | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Two-component system / histidine kinase / response regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / outer membrane-bounded periplasmic space ...transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Ming, Q.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal complex structure of histidine kinase and response regulator 著者: Ming, Q.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lgq.cif.gz | 122.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lgq.ent.gz | 75.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lgq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/6lgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/6lgq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4knyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27321.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: kdbD, kdpD, AKG99_04800, AML35_19290, B9M99_01250, BK383_18195, C5P44_02760, CIJ94_01275, D2188_15845, D9H70_02790, D9J60_00745, DTL90_04085, DU321_01600, EC382_20775, EIA21_11550, EO241_ ...遺伝子: kdbD, kdpD, AKG99_04800, AML35_19290, B9M99_01250, BK383_18195, C5P44_02760, CIJ94_01275, D2188_15845, D9H70_02790, D9J60_00745, DTL90_04085, DU321_01600, EC382_20775, EIA21_11550, EO241_08335, EXX06_11290, EXX23_12490, EXX53_15910, EXX55_10750, EXX87_15770, FNJ83_05465, HMPREF3040_04620, NCTC9119_03628, SAMEA3472056_00110 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A069C8B3, UniProt: P21865*PLUS, histidine kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27206.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: kdpE_1, kdpE, A8M42_04350, ACU57_12825, AM464_20745, AUQ13_21380, B9T59_04520, BANRA_01744, BANRA_03868, BEN53_05945, BK248_02745, BK334_19180, BON75_19570, BON86_22395, BvCmsHHP001_00776, ...遺伝子: kdpE_1, kdpE, A8M42_04350, ACU57_12825, AM464_20745, AUQ13_21380, B9T59_04520, BANRA_01744, BANRA_03868, BEN53_05945, BK248_02745, BK334_19180, BON75_19570, BON86_22395, BvCmsHHP001_00776, BvCmsHHP019_01442, BvCmsKSP026_01795, BvCmsSINP011_01149, BW690_07930, C4J69_07925, C4M78_23895, C5N07_14640, C6B13_12830, C9200_17795, CA593_25685, CDL37_26920, CI694_20635, CQP61_19525, CSB64_10560, D2183_02080, D2185_15895, D3821_21875, D3O91_17430, D9D20_12870, DAH34_18930, DB359_02985, DBQ99_18030, DM129_15030, DNQ41_07435, DNX30_24225, DTM25_00915, DWB25_17365, E2119_26455, E2134_18575, EAI52_22440, EC3234A_8c00210, EC3426_01519, ECONIH1_03925, ECTO6_03354, EIA08_00640, EJH97_16770, EL75_3094, EL79_3187, EL80_5454, ELT20_10810, ELT49_12200, ELT58_16530, EPS71_20965, EPS91_08680, EPT01_08635, ExPECSC022_01393, ExPECSC038_02992, EXX71_13740, EYD11_16000, FTV90_11805, FV293_12605, FV295_01400, MS6198_07470, NCTC10766_06081, NCTC13462_01629, NCTC13846_03346, NCTC7922_06598, NCTC7927_03942, NCTC7928_05334, NCTC8450_01686, NCTC9007_02376, NCTC9045_04052, NCTC9062_04757, NCTC9117_04356, NCTC9706_00828, NCTC9777_03550, RK56_025185, SAMEA3472033_02545, SAMEA3472047_02080, SAMEA3472080_00274, SAMEA3484427_03082, SAMEA3484429_03300, SAMEA3752559_01043, SAMEA3753300_04142, SK85_00691 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A061KF22, UniProt: P21866*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 5% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10464 / % possible obs: 92.21 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 28.84 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 455 / CC1/2: 0.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KNY 解像度: 3→38.83 Å / SU ML: 0.3651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.4876
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→38.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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