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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lar | ||||||
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タイトル | Structure of ESX-3 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S.H. / Zhou, K.X. / Li, J. / Rao, Z.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-em structure of esx-3 著者: Wang, S.H. / Zhou, K.X. / Li, J. / Rao, Z.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lar.cif.gz | 513.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lar.ent.gz | 409.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lar | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53684.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: eccB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QQ39, 加水分解酵素; 酸無水物に作用 #2: タンパク質 | 分子量: 48292.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: eccD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QQ46 #3: タンパク質 | 分子量: 49900.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: eccC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QQ40 #4: タンパク質 | 分子量: 33226.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: eccE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QQ48 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: esx-3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4823 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215839 / 対称性のタイプ: POINT |