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Yorodumi- PDB-6l7v: Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l7v | ||||||
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Title | Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with tripolyphosphate, manganese and iodide ions. | ||||||
Components | mRNA_triPase domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / mRNA capping / RNA triphosphatase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / mRNA processing / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi strain CL Brener (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Kuwabara, N. / Ho, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Crystal structures of the RNA triphosphatase fromTrypanosoma cruziprovide insights into how it recognizes the 5'-end of the RNA substrate. Authors: Takagi, Y. / Kuwabara, N. / Dang, T.T. / Furukawa, K. / Ho, C.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6l7v.cif.gz | 106.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6l7v.ent.gz | 67 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6l7v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23797.006 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D126N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (eukaryote) Strain: CL Brener / Gene: Tc00.1047053508479.390 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q4E2I1 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-MN / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-3PO / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-IOD / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: sodium acetate (pH 5.0), 1,4-butandiol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.9 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 4M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→46.42 Å / Num. obs: 21226 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 38.6 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 33.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 5.854 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1814 / CC1/2: 0.955 / Rrim(I) all: 5.939 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 2.2→46.42 Å / SU ML: 0.3444 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / Phase error: 33.2355
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→46.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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