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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kzg | ||||||||||||
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タイトル | 14-3-3 protein in Complex with CIC S301 phosphorylated peptide | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 protein (14-3-3タンパク質) / CIC / phosphorylation (リン酸化) / transcriptional regulation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / social behavior / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / social behavior / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding / substantia nigra development / 学習 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / 記憶 / transmembrane transporter binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / シナプス / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wen, Y. / Shao, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 14-3-3 protein in Complex with CIC S301 phosphorylated peptide 著者: Wen, Y. / Shao, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kzg.cif.gz | 208.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kzg.ent.gz | 165.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5iqpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29857.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P27348 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 948.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIC, KIAA0306 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96RK0 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.17 Å / Num. obs: 40758 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 3950 / CC1/2: 0.61 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IQP 解像度: 2→44.17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 129.51 Å2 / Biso mean: 52.403 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.17 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -69.3197 Å / Origin y: -0.6816 Å / Origin z: -2.95 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |