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- PDB-6kmh: The crystal structure of CASK/Mint1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmh
タイトルThe crystal structure of CASK/Mint1 complex
要素
  • Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
  • Peripheral plasma membrane protein CASK
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / CASK-CaMK domain / Mint1 / CASK-Mint1 complex / hydrophobic interactions (疎水効果)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / guanylate kinase activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / neurexin family protein binding / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / 核ラミナ / glutamate secretion ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / guanylate kinase activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / neurexin family protein binding / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / 核ラミナ / glutamate secretion / calcium ion import / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Nephrin family interactions / ciliary membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of calcium ion import / synaptic vesicle exocytosis / 基底膜 / negative regulation of keratinocyte proliferation / presynaptic active zone membrane / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / nuclear matrix / cell-cell junction / マイクロフィラメント / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / 遺伝子発現の調節 / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / vesicle / 樹状突起スパイン / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞接着 / リン酸化 / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / 核小体 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain ...CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Peripheral plasma membrane protein CASK / Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, W. / Feng, W.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: CASK modulates the assembly and function of the Mint1/Munc18-1 complex to regulate insulin secretion.
著者: Zhang, Z. / Li, W. / Yang, G. / Lu, X. / Qi, X. / Wang, S. / Cao, C. / Zhang, P. / Ren, J. / Zhao, J. / Zhang, J. / Hong, S. / Tan, Y. / Burchfield, J. / Yu, Y. / Xu, T. / Yao, X. / James, D. ...著者: Zhang, Z. / Li, W. / Yang, G. / Lu, X. / Qi, X. / Wang, S. / Cao, C. / Zhang, P. / Ren, J. / Zhao, J. / Zhang, J. / Hong, S. / Tan, Y. / Burchfield, J. / Yu, Y. / Xu, T. / Yao, X. / James, D. / Feng, W. / Chen, Z.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
D: Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,42818
ポリマ－88,8344
非ポリマー1,59414
水2,270126
1
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,34110
ポリマ－44,4172
非ポリマー9248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
2
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
D: Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0878
ポリマ－44,4172
非ポリマー6706
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.978, 96.321, 97.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASNASNchain AAA5 - 31811 - 324
21ASPASPSERSERchain BBB5 - 31911 - 325
12PHEPHEGLNGLNchain CCC0 - 3856 - 54
22SERSERILEILEchain DDD-2 - 3874 - 56

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Peripheral plasma membrane protein CASK / hCASK / Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase / Protein lin-2 homolog


分子量: 36682.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1 / Adapter protein X11alpha / Neuron-specific X11 protein / Neuronal Munc18-1-interacting protein 1 / Mint-1


分子量: 7734.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Apba1, Mint1, X11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35430
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 37889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.157 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 381609
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.4310.20.51837250.9720.1690.5451.245100
2.43-2.5310.20.39837370.9810.1290.4181.222100
2.53-2.6510.20.34637480.9840.1130.3651.202100
2.65-2.7910.20.25437320.9890.0830.2671.149100
2.79-2.9610.20.19137470.9910.0630.2011.108100
2.96-3.1910.20.15837630.9910.0520.1661.328100
3.19-3.5110.10.13637820.9890.0450.1441.274100
3.51-4.02100.11438090.9920.0380.1211.148100
4.02-5.069.70.08238560.9960.0280.0870.942100
5.06-509.60.07139900.9970.0240.0750.94699.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TAC

3tac


解像度: 2.4→42.232 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 1737 4.93 %
Rwork0.1882 33502 -
obs0.19 35239 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.99 Å2 / Biso mean: 46.9959 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→42.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5861 0 14 126 6001
Biso mean--50.87 42.09 -
残基数----731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2318080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3472276
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3029X-RAY DIFFRACTION5.433TORSIONAL
12B3029X-RAY DIFFRACTION5.433TORSIONAL
21C498X-RAY DIFFRACTION5.433TORSIONAL
22D498X-RAY DIFFRACTION5.433TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.47060.25871390.20432749100
2.4706-2.55030.2581320.20462744100
2.5503-2.64150.24791370.21042773100
2.6415-2.74720.25461150.20582783100
2.7472-2.87220.24461540.21812768100
2.8722-3.02360.23891190.21722789100
3.0236-3.2130.24141580.2152749100
3.213-3.4610.26791720.20492773100
3.461-3.80910.21071900.18542736100
3.8091-4.35980.21051380.16152830100
4.3598-5.49090.18151390.17112854100
5.4909-42.230.20481440.1702295499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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